第二篇 NgAgo 論文出現，沒重複出韓春雨的結果，但發現了些有趣的現象

NgAgo 又搞事情了。

11月11日，Nature 旗下生命科學期刊Cell Reseach在線刊登了中國南通大學神經再生重點實驗室副教授劉東團隊關於 NgAgo 研究的最新成果——他們發現 NgAgo 系統確實有效！在這篇題為NgAgo-based fabp11a gene knockdown causes eye developmental defects in zebrafish的 Letter to the editor 中，研究者觀察到，NgAgo 確實可以改變斑馬魚的表型，但這並非是通過基因編輯實現的。事實上，團隊通過實驗得出結論，NgAgo 系統可以在不改變目標基因序列的情況下，對基因表達實現 knockdown（即下調其目標 mRNA 表達水平），且這可能與 NgAgo 的基因剪切活性沒有關係。

文章作者同時強調，他們沒有在斑馬魚中觀察到 NgAgo 系統的基因編輯功能。

所以，曾經的「基因編輯工具」

真正作用是 knockdown ？！

首先，NgAgo 可以改變斑馬魚的表型，但與基因編輯無關

研究者選擇了斑馬魚中一個名叫fabp11a的基因作為 NgAgo 的「調控」對象。這個基因可以編碼一種脂肪酸結合蛋白，可以調節葡萄糖及脂質的穩態，還有炎症反應。除了試試 NgAgo，研究者還想看看fabp11a在斑馬魚胚胎髮育過程的作用，於是，他們將編碼 NgAgo 的 mRNA 和設計好的 5』-磷酸化單鏈 DNA 一起注射到了單細胞時期的斑馬魚胚胎中。

為了確保注射的 NgAgo mRNA 能夠進入細胞核表達 NgAgo 蛋白，研究者專門在 mRNA 的兩端增加了細胞核的定位序列（NLS）；而 5』-磷酸化單鏈 DNA 專門靶向fabp11a的第二和第三個外顯子——如果 NgAgo 能編輯基因，這兩段基因序列將會被改變。

實驗結果是：NgAgo 的存在，使 30% 的斑馬魚胚胎在發育後出現了眼部畸形，但這不是基因編輯的結果（*3）！

測序發現，fabp11a的基因沒有發生任何變化，反倒是fabp11amRNA 的相對表達量下降了約50%。

fabp11a沒有被編輯，但被 knockdown 了。

其次，NgAgo 的 knockdown 作用在斑馬魚中存在普遍性。

NgAgo 對fabp11amRNA 表達的下調是一個意外嗎？為了驗證這一點，研究人員又對斑馬魚中的其他四個基因進行的測試，結果發現，在靶向ta、kdrl、 lama1和flt1這4個基因時，NgAgo 都能實現 knockdown 作用，並且改變基因所對應的表型。

NgAgo 的 knockdown 作用是具有普遍性的。

最後，作者沒有在 NgAgo 中重複出基因編輯功能

河北科技大學教授韓春雨此前在《自然-生物技術》上發表的文章顯示，NgAgo 系統可以在 37°C 的條件下對人細胞進行基因編輯，編輯效率為 11.2%-41.3%。研究者在確保半數以上的實驗斑馬魚胚胎能正常發育的條件下，將實驗溫度設定為 37°C。然而結果顯示，NgAgo 系統在這一條件下仍沒有表現出任何基因編輯活性——儘管 knockdown 效應仍然存在。

有趣的是，當研究者將 NgAgo 中兩個天冬氨酸位點進行突變 —— 有研究預測，這兩個位點與 NgAgo 的基因剪切催化活性有關，並沒有對實驗中出現的 knockdown 效應產生影響。這說明，研究者觀察到的 knockdown 效應可能與NgAgo 的基因剪切活性沒有關係。

最後，研究者以這樣一句話結束了本篇文章：

……we hypothesize that gDNA/NgAgo may bind to a target gene to block its transcription. Overall, we suggest that the gDNA/NgAgo system provides an alternative strategy for gene knockdown in zebrafish.

我們提出一種假設，即 gDNA/NgAgo 的作用可能是結合目標基因，從而阻礙基因的轉錄。總的說來，我們認為 gDNA/NgAgo 為斑馬魚中的基因knockdown 提供了一種替代方案。

為斑馬魚中的基因 knockdown 提供了一種替代方案。

為基因 knockdown 提供了一種替代方案。

（完）

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