精準需要測序，全外顯子測序發現胃腺癌腹膜轉移驅動基因

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研究背景

胃癌是全世界發病率第五、腫瘤死亡率高居第三的常見惡性腫瘤。其中，大約有40%胃癌發生於中國，多數人被診斷為胃癌時已是進展期，更容易轉移或者複發。無論是早期胃癌還是晚期胃癌，腹膜轉移都是最常見的轉移或者複發方式。由於目前沒有有效的治療手段，胃癌一旦發生腹膜轉移，患者的中位生存時間不足6個月，因此，闡明胃癌腹膜轉移的分子機制改善其預後是亟待解決的問題。

二代測序作為精準醫療的關鍵技術，可發現腫瘤相關的靶基因，為個體化治療提供靶標，使得腫瘤的研究發生重要變革。全外顯子測序(WES)針對人類基因組的1%進行測序，可獲得較好的測序深度，有利於發現轉移灶基因改變的信息。

胃腺癌是胃癌最常見的組織類型，一旦發生腹膜轉移，手術將不再作為最優的治療手段，因此，同時獲取胃癌原發灶和配對的轉移灶變得極為困難。然而，近年來，減瘤手術被認為是一種可以是腹膜轉移生存患者獲益的治療方式。本研究選取一例胃腺癌患者的原發灶，腹膜轉移灶以及各自配對的正常組織，進行全外顯子測序，旨在發現胃癌腹膜轉移的突變基因。

研究思路

研究結果

我們選用llumminaHiSeq2500測序儀，雙端測序，讀長100nt，用WES測序發現了胃癌原發灶的48個體細胞單核苷酸突變（SNP），腹膜轉移灶49個SNP,G>A和C>T是突變頻率最高的類型（圖1）。通過Sanger測序分別驗證了原發灶和轉移灶中的SNP，原發灶和腹膜轉移灶中的非同義體細胞突變分別有27和35個得到驗證（圖2，3）。並同體細胞突變資料庫COSMIC中的胃癌數據經行了比較，發現了突變頻率高於5%的基因（BAI1,ARID2,THSD1,KIAA2022），以及尚未在該資料庫中出現的突變基因，還有部分SNP僅僅發生腹膜轉移灶（ERBB4, ZNF721, NT5E, PDE10A, CA1, NUMB, NBN, ZFYVE16, NCAMI），他們可能是胃癌發生腹膜轉移的驅動基因，其機制有待進一步研究。因此，我們發現胃癌腹膜轉移灶中的大多數非同義體細胞突都與原發灶相同，有少數是不同於原發灶突變。該研究中全外顯子測序服務及數據分析服務由上海伯豪生物技術有限公司提供。

圖1.WES在胃癌原發灶和腹膜轉移灶中發現的體細胞突變類型。

圖2. Sanger 測序驗證後的非同義體細胞突變，A，B分別代表胃癌原發灶和腹膜轉移灶中的非同義體細胞突變。

圖3.胃癌原發灶和腹膜轉移灶中驗證後的SNP分布。

原文出處

Liu H, Li F, Zhu Y, Li T, Huang H, Lin T, Hu Y, Qi X, Yu J, Li G. Whole-exome sequencing to identify somatic mutations in peritoneal metastatic gastric adenocarcinoma: A preliminary study. Oncotarget.2016.

伯豪生物全外顯子組測序服務解決方案 ：http://www.shbio.com/product/65.html

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