中科院北京生科院趙方慶團隊提出編碼基因重建的新方法

2016年11月，國際學術期刊Genome Biology在線發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組學實驗室趙方慶團隊題為「A novel codon-based de Bruijn graph algorithm for gene construction from unassembled transcriptomes」的最新研究成果。該研究提出一種基於密碼子de Bruijn圖的新演算法，基於非拼接策略直接對轉錄組測序數據進行編碼基因識別和重建，解決了編碼基因識別效率低且不完整的難題，該方法在非模式生物的進化基因組研究領域具有很大的應用前景。

近年來，隨著高通量測序和高性能計算技術的發展，大量的基因組測序計劃得以實施完成，由此產生海量轉錄組測序數據。面對這些大數據，首要任務是要得到它們的編碼基因序列。傳統基因識別工具主要依賴於RNA-seq組裝軟體得到的轉錄本進行基因鑒定，然而，由於組裝軟體對測序錯誤高度敏感並且不能有效處理重複序列區域，因此導致在此基礎上進行基因識別會產生大量高度冗餘和片段化的基因序列。除此之外，這些工具過度依賴同源基因資料庫或參考基因組，不能很好地應用於非模式物種的轉錄組數據。

針對這些問題，趙方慶團隊開發出一種基於密碼子de Bruijn圖的新演算法-inGAP-CDG。該方法不依賴於參考基因組，直接從未拼接的轉錄組測序數據中進行基因識別。與其它方法相比，inGAP-CDG構建出的編碼基因序列具有長度更長、冗餘度更低和特異度更高的優勢。該研究為基因識別提供了新的思路和方法，進而對此後的系統發育和功能基因組學研究具有重要的應用價值。

該工作由趙方慶課題組的彭公信和冀培豐共同完成，並得到國家自然科學基金委和科技部重點研發計劃的經費支持。

本公眾號由中國科學院微生物研究所信息中心承辦

微信公眾號：中國生物技術網

TAG:中國生物技術網 |

※國際科研團隊成功解碼大麥基因組圖譜 華裔科學家領銜澳研究
※龍虎榜首：建科院 華大基因 太陽鳥
※中國農科院等專家完成芥菜基因組解析
※國家農業基因組科技創新聯盟在深成立
※中国科学家将启动「基因编辑」技术人体试验
※Cell：中國科學家首次成功建立基因編輯瑞特綜合征猴模型
※蘭科中心與華大基因正式簽約蘭科植物基因編輯項目
※聚焦基因科學與中醫藥傳承創新發展 中醫藥基因分會成立大會在湘舉行
※敲響血友病治療的基因編輯之門——專訪華東師範大學生命科學學院劉明耀院長
※上海生科院等設計出高效精確基因靶向整合的新策略
※科學家在薔薇科葉綠體系統發育基因組研究中取得進展
※日科學家培育帕金森症基因改良猴 試圖尋找新療法
※《經濟學人》：基因編輯、克隆與生育科學
※中國科學家在真核生物基因組設計與合成中獲重大突破
※「外專千人」三田和英教授領銜國際團隊發表鱗翅目昆蟲基因組最新成果
※編輯生殖細胞基因？美國科學院首度鬆口！
※華大基因牽手國家蘭科中心 要在深圳研究關於「基因」的大事
※台灣中研院院士發現：癌症基因並非人類基因
※昆虫基因有望改造人类大脑 科学家研究新技术