環狀RNA：circRNA與胃癌增殖和預後有關

12月13日，Cancer Lettres雜誌在線發表了復旦大學附屬腫瘤醫院黃勝利教授和師英強主任為共同通訊作者的研究論文，介紹發現了環狀RNA circPVT1與胃癌增殖和預後有關（Chen et al., 2016）。

胃癌相關環狀RNA分析鑒定

作者選取了三個胃癌標本和對應的癌旁組織進行RNA Seq檢測。利用TopHat2工具將測序結果與hg19標準基因組序列比對，共獲得了15623種環狀RNA，其中5568種環狀RNA的反向拼接位點reads大於兩條。數據通過SRPBM（spliced reads per billion mapping）歸一化處理以方便進行樣本間比較，結果表明每種癌組織和癌旁組織中平均約有3000種左右的circRNA，經過表達量比較分析後找出了180個表達差異明顯的circRNA，其中82種上調，98種下調。

圖1 胃癌中circRNA分析 （來自(Chen et al., 2016)）

circPVT1在胃癌中表達差異最明顯

圖2 circPVT1的主要基因特徵與表達位置分析（來自(Chen et al., 2016)）

胃癌中circPVT1常表達升高，部分由於所對應的基因組區域擴增

在擴增的情況，那麼circPVT1的增多是不是由於所對應的基因組區域擴增導致的？於是作者選取了38例標本進行分析，結果表明45%的標本中circPVT1所對應的基因組區存在擴增情況。因此作者認為circPVT1的表達增高部分原因是所對應的基因組區域擴增。但值得一提的是，作者也發現circPVT1與線性的PVT1基因的表達量沒有統計上顯著的對應關係。

圖3 胃癌中circPVT1表達升高 （來自(Chen et al., 2016)）

circPVT1與細胞增殖有關為分析circPVT1在胃癌中作用的分子機制，作者首先分析了circPVT1與細胞增殖的關係。利用RNAi實驗，作者發現circPVT1與胃癌細胞的增殖能力有關。

圖4 circPVT1與胃癌細胞增殖有關（來自(Chen et al., 2016)）

circPVT1具有結合miR-125家族分子的miRNA Sponge功能circRNA作為內源性競爭RNA分子，經常有報道某種circRNA分子具有競爭結合miRNA作為miRNA Sponge作用的功能。作者也分析了circPVT1的miRNA Sponge功能的可能。作者利用ComiR工具分析了circPVT1結合miRNA的潛力，共篩選到46種候選的可結合circPVTA1的miRNA分子。利用熒光素酶報告基因系統，作者發現共表達Let-7b，miR-125a或miR-125b後報告基因的變化大於25%，而Let-7a的變化沒有超過25%。miR-125a和miR-125b同屬於miR-125家族，它們在腫瘤中往往表現為抑癌基因的功能。因此作者認為可能是circPVT1競爭性結合了miR-125家族的分子，導致細胞增殖能力提高。通過共表達後克隆形成能力實驗驗證，證明了共表達circPVT1能夠抵消miR-125b抑制細胞增殖的作用。

圖5 circPVT1可競爭結合miR-125家族分子 （來自(Chen et al., 2016)）

circPVT1與腫瘤的預後有關circPVT1與胃癌細胞的增殖有關，那麼這個分子與胃癌臨床預後的關係如何呢？作者將187例標本的不同臨床特徵與circPVT1表達量進行了相關性分析。結果表明circPVT1高表達的患者生存率更高。circPVT1作為預後指標，可獨立於腫瘤大小，TNM分期等指標，並且TNM分期結合circPVT1表達量一起作為預後分析的指標更有價值。

圖6 circPVT1與胃癌預後的關係 （來自(Chen et al., 2016)）

circPVT1結合PVT1的表達量是更好的胃癌預後指標

作者也分析了線性的PVT1基因與circPVT1基因在胃癌中的表達和與預後的關係。結果表明PVT1表達低的生存期更長。circPVT1高表達而PVT1低表達的患者生存期明顯高於circPVT1低表達而PVT1高表達的患者。因此作者認為circPVT1結合PVT1的表達量是更好的胃癌預後指標。

圖7 circPVT1結合PVT1的表達量是更好的胃癌預後指標（來自(Chen et al., 2016)）

參考文獻：

Chen, J., Li, Y., Zheng, Q., Bao, C., He, J., Chen, B., Lyu, D., Zheng, B., Xu, Y., Long, Z., et al. (2016). Circular RNA profile identifies circPVT1 as a proliferative factor and prognostic marker in gastric cancer. Cancer Lett.

文 | circRNA 吉賽生物

本文為作者授權肽度時界發布

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