IncRNA研究必備工具：IncRNA資料庫

知識 12-02

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長鏈非編碼RNA（IncRNA）是指長度大於200個核苷酸的非編碼RNA。近年來的研究表明IncRNA能在表觀遺傳、轉錄及轉錄後水平上調控基因表達，參與X染色體沉默、基因組印記以及染色質修飾、轉錄激活、轉錄干擾、核內運輸等多種重要的調控過程，與人類疾病的發生、發展和防治都有著密切聯繫。近年來備受關注，針對其的研究也越來越多。

IncRNA分為以下幾種分類：

Antisense IncRNA（反義長非編碼RNA）

Intronic transcript（內含子非編碼RNA）

Large intergenic noncoding RNA（LincRNA）

Promoter-associated IncRNA（啟動子相關IncRNA）

UTR associated IncRNA（非翻譯區IncRNA）

IncRNA具有以下特點：

一、IncRNA通常較長，具有mRNA樣結構，有些具有poly(A)尾巴，分化過程中有動態的表達與不同的剪接方式，與編輯基因相比，IncRNA表達量更低；

一、時空組織特異性：同一組織或器官的不同生長階段，其中的IncRNA表達量也會變化，不同組織之間的IncRNA表達量也不同；

二、IncRNA啟動子同樣可以結合轉錄因子，如Oct3/4，Nanog，CREB，Sp1，c-myc，Sox2與p53，局部染色質組蛋白同樣具有特徵性的修飾方式與結構特徵；

四、IncRNA的亞細胞位置上呈多樣化，在細胞核、細胞質和細胞器均有分布，甚至某些IncRNA具有獨特的亞細胞位置，有可能是全新的亞細胞結構。

IncRNA的作用方式

IncRNA研究必備工具：IncRNA資料庫

從目前的研究來看，IncRNA主要有這樣幾個機制：對附近的基因進行調控，或者是抑制作用，或者是激活作用；反向編碼的IncRNA可以和正向編碼的RNA產生作用。還能作用於蛋白，影響蛋白的結構，露出催化亞基產生功能；輔助蛋白結合輔助物，形成蛋白複合物；與蛋白結合，運輸到細胞外，起到調節定位的作用；IncRNA還能被剪切形成小的RNA，起到作用。

IncRNA與疾病的相關性

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現在在很多疾病中都發現了與疾病相關的IncRNA，比如在乳腺癌中就發現了很多IncRNA。IncRNA在腫瘤不同的研究領域中都有建樹，其中對腫瘤侵襲轉移的研究佔43%，其次是對腫瘤耐藥方面的研究，同時還涉及腫瘤發生，血管生成等多個方面。現在在腫瘤的研究中，對腫瘤生成的研究已逐漸被弱化，更多的是對腫瘤複發的研究，而IncRNA在這方面都有研究。

IncRNA的資料庫

對IncRNA的研究通常借用高通量的研究手段，隨著IncRNA的研究越來越多，形成了不少資料庫，下面谷君就來介紹幾個主要的IncRNA資料庫，ChIPBase（中山大學）、starBase（中山大學）、LncRNADisease（北京大學）、NONCODE（中國科學院）、LNCipedia（比利時根特大學）、IncRNAdb（澳大利亞昆士蘭大學）和NRED（澳大利亞昆士蘭大學）。

ChIPBase（中山大學）：http：//deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/index.php

最新更新於2012年11月，版本1.1

提供長鏈非編碼RNA的表達圖譜和轉錄調控的全面鑒定和注釋。整合了高通量的RNA-seq鑒定的lncRNA，及其表達圖譜和ChIP-Seq實驗技術鑒定的轉錄因子結合位點。

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