2016 Nature Methods年度技術:表觀轉錄組分析——北大伊成器受邀發表相關綜述文章
BioArt按:2016年即將過去,那麼過去的一年裡生命科學領域哪項技術最受關注呢?Nature Methods雜誌2017年的第一期雜誌中發布了專題文章將表觀轉錄組分析(Epitranscriptome analysis)評選為2016年年度技術,特別值得一提的是北京大學伊成器教授撰寫了相關專題綜述,題為「Epitranscriptome sequencing technologies: decoding RNA modifications」。
伊成器教授2005年本科畢業於中科大化學系,2010年在芝加哥大學何川教授課題組獲得博士學位,博士畢業後又繼續在何川實驗做過一輪短暫的博後,2012年入選中組部第二批「青年千人計劃」回北大生科院和北大清華生命科學聯合研究中心做PI,2016年獲得國家優青資助。
伊成器老師是何川教授的高足,回國短短几年就獨立做出了非常多高質量的工作(見下圖)。
今年2月10日,伊成器研究組在Nature Chemical Biology雜誌在線發表題為「Transcriptome-wide mapping reveals reversible and dynamic N1-methyladenosine methylome」的研究論文。文章首次報道了人類mRNA中一種新型的轉錄後修飾1-甲基腺嘌呤(N1-methyladenosine,m1A);並開發了測序新技術「m1A-ID-seq」,實現了全轉錄組水平上m1A這一可逆RNA修飾的譜圖鑑定。比較好玩的是,同一天,來自伊成器以前的導師美國芝加哥大學何川教授課題組在Nature雜誌同時報道了真核細胞中m1A修飾的譜圖,並進一步發現m1A修飾能夠促進蛋白質的翻譯過程(Dominissini, Dan, et al. "The dynamic N1-methyladenosine methylome in eukaryotic messenger RNA."Nature530.7591 (2016): 441-446.)。
回到伊成器老師所寫的這篇綜述文章(上圖)來看,這篇綜述主要集中在真核細胞中轉錄組上一些主要的mTNA修飾,這些修飾包括:N6-methyladenosine, N6, 2′-O-dimethyladenosine,5-methylcytidine, 5-hydroxylmethylcytidine, inosine, pseudouridine and N1-methyladenosine。
這篇文章還討論了現有的相關測序技術和一些對應的生物信息學工具的應用。這一系統性的綜述為今後RNA生物學的發展做出了很好的指導。
轉錄組範圍內m6A的測序方法
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