環狀RNA的三種鑒定方法

不知道大家有沒有查過，環狀RNA是怎麼鑒定的呢？嘎嘎，沒有查過也沒關係，看一下今天的內容就好了。根據已發表的文獻，環狀RNA的鑒定方法分為三類：

1.從頭預測（abinitio）的方法：find_circ（如下圖）（Memczaket al., 2013），將不能和基因組比對上讀段的兩端各取20bp作為錨點，再將錨點作為獨立的讀段往基因組上比對並尋找唯一匹配位點，如果兩個錨點的比對位置在線性上方向呈反向，那麼就延長錨點的讀段，直至找到環狀RNA的接合位置（junction），若此時兩側的序列分別為GT/AG剪接信號，則判斷為潛在的環狀RNA。

2.基於RNA-seq比對工具如：Tophat-fusion（Kimand Salzberg, 2011）、Mapsplice（Wanget al., 2010）、STAR（Dobinet al., 2013）、segemehl（Hoffmannet al., 2014）等，以尋找融合基因的思想檢測環狀RNA（如下圖）：先將不能比對到轉錄本上的讀段提取出來，再根據軟體預測結果找出處於同一條染色體上的融合基因，最後根據基因組注釋文件中外顯子的邊界來判斷是否為環狀RNA。

3.專門為尋找環狀RNA而設計的演算法和工具（如下圖）如CIRI，它考慮了經典的環狀RNA以及一些短外顯子成環狀RNA的情況，同樣以GT-AG剪接信號和外顯子邊界得到環狀RNA。

來源：基迪奧生物

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