小智一行人首次遭遇大危機險些喪命，臨死前哭著道別神奇寶貝

神奇寶貝一直都是以熱血中透著溫暖、積極向上為主基調的，很少有對死亡有太多描寫，因此即使主角和反派被皮卡丘的十萬伏特攻擊到也不會怎樣，而神奇寶貝之間的決鬥也都是點到為止，失去戰鬥能力也只是受傷的程度而已。對神奇寶貝如此，對訓練家更是如此，但在小智一行人的一次冒險，差點將小命也給搭進去，這次是真正遭遇了生死危機，甚至可以說是已經死過一次了，到底是怎麼回事呢？

故事發生在劇場版《夢幻與波導的勇者路卡利歐》當中，小智一行人在冒險的途中來到了一個古老的城市，這裡正在舉辦波導的勇者亞朗的祭典，每年獲得城中神奇寶貝比賽冠軍的那個人會獲得波導的勇者稱號，於是小智弄了一套勇者的行頭，一路披荊斬棘在決賽中使用皮卡丘打敗了瑪狃拉，獲得了冠軍，還參加了加冕的典禮。

雖然小智他們只是打算參加典禮後隔天就離開，結果小智在會場上聽到了一個神秘的聲音，緊接著勇者亞朗的神奇寶貝路卡利歐從久遠的過去穿越了過來，還感觸到小智身上有波導的力量，被當成是將它封印起來的亞朗大人。將一切解釋清楚之後，卻發生了另一個意外，小智的皮卡丘被突然出現的夢幻帶到了世界初始之樹中，能使用波導之力的路卡利歐被女王擺脫幫忙尋找，於是一行人便出發了。

在路途中，小智向大家講述了自己和皮卡丘從一開始不和到後來互相信任的過去，但因為還沒有搞清過去的真相，路卡利歐覺得人類是不值得信任的，並表示皮卡丘會因為小智的愚蠢而逃跑。聽完這番話怒氣正盛的小智上來就沖著路卡利歐撲了上去，但是除了武藏手撕飯匙蛇那樣神奇的存在，人類哪能打得過神奇寶貝，果不其然小智不出幾回合就被撂倒了。

來到了世界初始之樹，小智等人遭遇了傳說中的神奇寶貝三神柱的攻擊，它們是這裡的守護者，慌亂之下幾人逃到了世界樹內部，結果沒想到遭遇了更大的危機，世界樹也有類似生物的構造，它身體中的免疫系統將進來的人類當成了細菌，被吞噬掉的人真的會被消滅掉，前有三神柱的攻擊，後有免疫系統的追逐，小智等人陷入了最大的危機。

小智派出了神奇寶貝阻擋追趕過來的鋼神柱和岩神柱，逃跑的小遙、小勝和小剛卻遭遇了「白細胞」的攻擊，另一邊跟隨而來的武藏和小次郎也是如此，他們的身體完全被吞噬掉了，情急之下只能放出精靈球中的神奇寶貝，並和它們含淚告別，看得人心都碎了。

而就在之後的劇情中，雖然和皮卡丘成功團聚了，但小智也被吞噬掉了，皮神在一邊哭得稀里嘩啦，就連平時愛搞惡作劇的夢幻也看不下去了，原來夢幻和世界樹是共生關係，是它將小智等人救了回來，神奇寶貝動畫的故事差點就此完結了。但在之前追逐小智等人的過程中，世界樹損耗過於巨大瀕臨毀滅，你好歹是個存在千萬年的神物誒，不要這麼輕易地就被毀掉好不好？

最後的最後，路卡利歐透過時間之花看到了過去亞朗所做的事情實際上是為了阻止戰爭犧牲了自己，最後路卡利歐為了貫徹自己的理念，將自己的波導之力注入世界樹的心臟，犧牲了自己，追隨了主人勇者亞朗，將小智等人以及和世界樹共存的夢幻都救了下來。