抓拍RNA與染色質DNA聊天時的畫面

作者：賈行星（中國科學院動物研究所）

來源：作者投稿

近日來自UCSD的科學家在 Current Biology 雜誌上報道了一個in-vivo檢測RNA和染色質DNA相互作用的技術——MARGI (mapping RNA-genome interactions). MARGI技術的大概原理如圖1所示：首先用交聯劑使得RNA和染色質發生交聯，之後給RNA 3 端連上含有生物素(biotin)且3 端含單個胸腺嘧啶(T)突出的DNA adapter，給染色質DNA 3 端加A，通過TA連接使得DNA與RNA完成連接；隨後經過逆轉錄，雙鏈變性以及再環化、酶切和靶向PCR等步驟最終完成高通量測序文庫的構建。

圖片來源：論文

具體細節如圖2所示：

圖片來源：論文

接下來分析一下MARGI技術的一些特點吧：

首先就是MARGI的假陽性控制策略很巧妙，那就是將交聯劑處理之後的果蠅S2細胞系樣品和人細胞系樣品混合後進入隨後的建庫流程，通過檢測所構建的文庫中出現同時含有人和果蠅基因組片段的比例來確定假陽性率。雙端測序(pair-end sequencing)確定假陽性率為2.18%.值得學習。

其次RNA 3 端連adapter用的是T4 RNA Ligase 2(truncated KQ),該酶不需要ATP，可以將RNA與單鏈DNA或RNA連接起來（圖2B,E），很好的降低了adapter連接到染色質DNA上的情況。

然後就是用TA連接比傳統的blunt end連接更高效了，但是此處小編疑惑為什麼不用比TA連接更高效的方法，比如之前介紹的比TA連接更高效的建庫方法——HTML PCR，將adapter 3 端變為突出的多個鳥嘌呤(polyG)，不知道是否試過該方法，或者說這種方法效率太高導致假陽性率太高？

最後單鏈環化效率隨著長度的增加會顯著下降，所以說MARGI會漏掉很多的信息，還有改進的空間。

話說小編去年八月份聽過UCSD付向東教授關於RNA-染色質DNA相互作用的報告，只是具體實現的技術路線有所差異。

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