一台筆記本電腦、一個USB！科學家在南極完成了測序

在過去的幾年中，研究界和商業界已經開始開發能用於野外現場研究的測序儀，牛津納米孔技術就是典型的例子之一。牛津納米孔公司的MinION測序儀是這幾年備受矚目的一款手持式納米孔測序商業設備，去年人家可是上過太空的，它也是唯一上過太空的測序儀。如今，科學家們又僅憑一台MinION設備、一台攜帶型電腦就能夠在極端的南極洲中實現了DNA測序。

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無網路無實驗室設施，MinION在南極完成了實時測序

美國喬治城大學的研究人員使用牛津納米孔公司的MK1B MinION設備完成了南極環境DNA的測序，相關結論於4月份發表在《The Journal of Biomolecular Techniques》雜誌上。

科學家們在沒有互聯網和實驗室設施的情況下測量了MinION設備的工作性能，利用USB3.0電纜與筆記本電腦相連，確定了該設備在極端環境下進行原位基因組測序的可行性。

通過充分保護測序設備和筆記本電腦，本次測序能在艱苦條件下持續兩個半小時。研究人員採用的是離線版的MinKNOW軟體。在所有的單次上機測序反應中，無法讀取的read數要比高質量通過反應的reads數要多，然而，隨著環境溫度的升高，通過/失敗的比例顯著增加。研究人員並未確定這種變化是否是因為軟體或測序儀的放緩所致。

作者認為，雖然此次測序的運行時間比典型實驗室的多數測序反應要短，但本次概念驗證研究結果證明了未來在極端環境中製備和測定DNA文庫是可行的，特別是在那些需要長時間停留的極端環境。同時該研究也證實了MinION設備用於極端環境的現場測序十分具有前景。

尺寸小、低功耗要求的MinION設備可能繼續朝著「可實地部署的DNA測序設備」發展，為缺乏基礎實驗室設施的地區開展生物學研究開闢了新途徑。然而，在極端寒冷的情況下，保存電池電量仍然是一個挑戰。不過，研究人員認為，長時間的測序反應可以通過切換筆記本電腦的電池或者使用發電機來實現。

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讓人興奮，又常常惹爭議

MinION是一款極其讓人興奮，又常常惹來爭議的設備。它的特點是單分子測序，測序讀長長（超過150kb），測序速度快，測序數據實時監控，機器方便攜帶等。它也是牛津納米孔家公司的核心產品，市場價為1000美元/個，主要用於病原監測、宏基因組學、變異檢測，基因測序。

目前，基於該設備的論文已經超過30多篇，它曾以最快的速度破譯埃博拉病毒序列，去年英國研究人員曾利用它首次完成了大規模的人類基因組測序，對於DNA數量與質量受限制的常規臨床樣本，該納米孔技術都能完成測序工作。

然而，MinION的專利之爭卻常常發生。去年牛津納米孔公司被Illumina公司起訴，MinIon設備是訴訟主要焦點之一。在結束了與Illumina公司的專利案之後，今年年初，牛津納米孔公司又接到了PacBio公司的專利訴訟。PacBio聲稱牛津納米孔的MinIon和PromethIon設備侵犯了其專利US No.9546400。不過，對於頻繁的專利訴訟，牛津納米孔公司的首席執行官Gordon Sanghera表示，這些訴訟不會影響到他們對客戶的服務，也不會對他們的商業造成破壞。

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參考資料：Real-Time DNA Sequencing in the Antarctic Dry Valleys Using the Oxford Nanopore Sequencer

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