謝曉亮教授Science報道新型單細胞基因組線性擴增法

謝曉亮教授在4月14日的Science上發表文章報道了實驗室的最新研究：一種新型的單細胞基因組線性擴增的方法——轉座插入（LIANTI,Linear Amplification with Transposon Insertion）。LIANTI法在檢測拷貝數目變異和單核苷酸變異上的準確度都優於以前的MALBAC,DOP-PCR等方法。

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全基因組擴增的方法是單細胞測序的關鍵

單細胞基因組測序為細胞間異質性和基因組不穩定性等問題提供了新的視角，對於生物學和醫學很重要。單細胞測序技術的關鍵——全基因組擴增（WGA）的方法，為下一代測序提供足夠的DNA。WGA的方法目前被拷貝數變異（CNV）檢測的低精度限制和低保真度放大所阻礙。

指數擴增和線性擴增的差異

幾種不同擴增方法的變異係數

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由於以前所有方法的LIANTI

謝曉亮教授在Science上的報告了一種改進的單細胞的WGA法：通過轉座子插入進行線性放大。DNA被含有T7啟動子的Tn5轉座子隨機片段化，T7啟動子允許線性擴增。LIANTI法優於現有的方法，能在千鹼基解析度進行微CNV檢測。這允許直接觀察從細胞到細胞不同的，隨機發生的DNA複製起始。

LIANTI法的示意圖

該研究還表明，單細胞基因組學中觀察到的，從C到T的突變，產生於因細胞裂解造成的胞嘧啶脫氨。現在識別單核苷酸變異（SNV）可以通過對同源細胞測序完成。他們用這種方法，確定了在紫外線照射後的單個人細胞中的單核苷酸變化的頻譜。

End

參考資料：1）Single-cell whole-genome analyses by Linear Amplification via Transposon Insertion(LIANTI)

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