看過康熙王朝的都應該很清晰記得，康熙皇帝與噶爾丹之間的戰爭。

噶爾丹（Galdan，源自藏語「甘丹」，意為兜率天，1644年—1697年），綽羅斯氏，是17世紀厄魯特蒙古（衛拉特）準噶爾汗國大汗，也先的後裔，巴圖爾琿台吉第六子。西藏黃教派人到準噶爾認定噶爾丹為西藏尹咱呼圖克圖的第八世化身，將不到10歲的噶爾丹請到西藏班禪和達賴處學佛法。1670年，其兄僧格琿台吉在準噶爾貴族內訌中被殺。噶爾丹得到達賴允許而還俗，贈之「博碩克圖」（靈異者）佳號，自西藏返回，擊敗政敵，成為準噶爾部琿台吉。

噶爾丹深受喇嘛教的影響，一直想建立一個以喇嘛教為國教的準噶爾帝國，所以，他第一步在1678年率兵攻入南疆，滅亡了葉爾羌汗國，同時，又用兵於哈薩克，鞏固在那裡的統治。在他掃除一切障礙準備實施自己的計劃時，卻因多疑埋下了自己日後敗亡的種子：隨著時間的推移，僧格的三個兒子都已長大成人，尤其長子策妄阿拉布坦更是英武不凡，按準噶爾法律，策妄阿拉布坦才應是合法的汗位繼承人，噶爾丹為使自己的權利不至於旁落，便逐漸打壓策妄阿拉布坦，在1688年，暗殺了他的弟弟索諾布阿拉布坦，這使策妄阿拉布坦感到自身安全難以保障，便在7名僧格舊臣的陪同下，率5千部眾，逃至博爾塔拉河一代休養生息。

噶爾丹當政時期，藏傳佛教在準噶爾汗國地區更為興盛。噶爾丹汗在準噶爾汗國地區修建了顯宗僧院、密宗僧院、祭祀僧院、祈福降災僧院等寺廟，並從西藏請來許多高僧大德和喇嘛僧人，在準噶爾汗國進一步弘揚佛法，翻譯經文，幫助他發展藏傳佛教。

噶爾丹奪得準噶爾統治權後，便積極向外擴張。1676年，噶爾丹俘獲其叔父楚琥爾烏巴什，並擊敗和碩特部首領兼衛拉特盟主的鄂齊爾圖汗，遂成為衛拉特霸主或汗，把衛拉特聯盟變質為事實上的準噶爾汗國，兩年後獲得達賴喇嘛的贈號「博碩克圖汗」（蒙古諸部信黃教以獲得達賴贈號為榮）。他征服哈薩克、滅葉爾羌汗國，稱雄西域。1688年，進攻喀爾喀蒙古土謝圖汗部，繼而進軍內蒙古烏蘭布通，威逼北京。康熙帝遂發動三征噶爾丹之役。1690年烏蘭布通之戰，噶爾丹敗退至科布多。1696年昭莫多（今蒙古國肯特山南）之戰，噶爾丹主力軍被清軍擊潰，侄兒策妄阿拉布坦也背叛他。1697年，康熙帝第三次征討噶爾丹時，他死於科布多（一說自殺，一說病死）。

康熙逝世後，雍正繼續堅持平定準噶爾貴族割據勢力的鬥爭。雍正五年（1727年）冬，策妄阿拉布坦死，其子噶爾丹策零繼位後，在沙俄支持下，繼續進行叛亂活動。從雍正六年以後，清朝多次出兵平定噶爾丹策零叛軍。

雍正十二年，噶爾丹策零向清廷請和罷兵，乾隆初年議和告成。乾隆二十二年春，清廷遣軍從巴里坤等地分路進擊，清軍攻勢凌厲，加上此時準噶爾地區瘟疫流行，叛軍很快潰敗，阿睦爾撒納兵敗後，逃往哈薩克，在哈薩克首領阿布賚追捕下，隻身帶了七八人逃入俄佔區謝米巴拉廠斯克要塞，於九月得痘身亡。由於清政府的堅持，俄國最後交驗了阿睦爾撒納的屍體。清軍平定準噶爾貴族分裂叛亂的戰爭，至此取得了勝利。

準噶爾部和清朝對峙70多年，清朝統治者對其抱有很深的敵視和不信任心理，據清朝文獻記載，乾隆帝在重新統一新疆後為了杜絕後患，採取了極為殘酷的屠殺政策。

準噶爾原有60多萬人口，由於戰爭，內訌，瘟疫，清軍屠殺（男子），擄掠（女子），逃亡，準噶爾部人丁殆盡，

倖存者依附於外蒙古賽音諾顏部者曰額魯特，游牧青海者曰綽羅斯。綽羅斯部轄旗二：南右翼頭旗，北中旗。共有佐領6個半。

也正是因為以佛教為國教的準噶爾汗國的滅亡，新疆的伊斯蘭教才佔到了主導位置。

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