步步為營，尋找轉錄因子與基因啟動子的「愛巢」

聽說最近轉錄因子小姐跟某基因先生走到了一起，並共同購置了愛巢，雙宿雙棲起來。娛媒圈（科研圈）沸騰了，經過EMSA、 DNase1足跡實驗、甲基化干擾實驗、體內足跡實驗、Chip-on-chip等方式，終於落實了某轉錄因子跟某基因的關係，執著的娛記們哪肯鬆懈，繼續探索轉錄因子跟該基因的啟動子的愛巢（結合位點）在哪裡？

第一步，要確定到他們的愛巢在哪條街？（怎麼確定啟動子？一般查閱外文文獻，老外把從轉錄起始位點開始上溯2K－3K的區間算做是啟動子。）

第二步就是要確定家門牌號？（啟動子這麼長，怎麼知道具體的結合位點序列？

如何預測轉錄因子小姐跟某基因先生的愛巢（啟動子結合位點）在哪裡？這個活一般的娛記是幹不了，還是得聽小魚我的。

乾貨來了，看這裡了（敲黑板！）

以轉錄因子Nf-KB和Ankh基因為例，用UCSC在線網站鎖定啟動子範圍，在左欄選擇Table browes。

在clade選擇Mammal，genome選擇Human，assmebly選擇最新的資料庫，gene中輸入ANKH,在track中選擇RefSeq Genes，在output format中選擇sequence,點擊get output,根據需要選擇序列，選擇genomic-submit。

選擇Promoter/Upstream by 2000 bases，選Exons in upper case, everything else in lower case（外顯子大寫，其他小寫）。

結果如下：大寫字母是基因外顯子區，大寫字母前面的2000個小寫字母就是預測的啟動子區，複製粘貼保存到文本中。

當我們鎖定了這一條街道以後，接下來就是敲定門牌號了，好緊張！

打開PROMO資料庫，業界良心！首頁就來送助攻：查找轉錄因子結合位點操作步驟。

如助攻提到的，先點擊黃色左欄SelectSpecies,選擇物種, 點擊Submit。

再點擊黃色左欄SelectFactors，選擇轉錄因子, 點擊Submit。

接著點擊SearchSites,將之前鎖定的啟動子區序列粘貼到指定位置，點擊Submit。

目標出現！

結果中的一個位點TGGGAAATACCT就是預測到的nf-kb結合在Ankh啟動子的最佳位點。

同一個基因的啟動子都是可長可短的，只是不同長度可能啟動子的活性不一樣。真核生物一般都是認為在第一外顯子上游的2kb以內（也有2kb以外的）。轉錄因子不同的預測方法（除了PROMO，還可用Jaspar 、TFSEARCH、TRANSFAC等資料庫）結果都不一樣，最終只有實驗驗證的才準確。

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