Nature：RNA-seq疾病診斷潛力不容忽視

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《轉》譯

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全外顯子組測序（WES）和全基因組測序（WGS）對於罕見的孟德爾遺傳病的檢測能力最高只能達到50%，基於這兩種手段，我們對於遺傳多樣性帶來具體生物學功能差異和臨床疾病病因的解釋能力是十分有限的。Cummings課題組曾使用RNA測序（RNAseq）對肌肉疾病進行了準確的檢測，證實了RNAseq在遺傳性肌肉疾病診斷過程中的重要應用。作者從63例單性肌肉疾病疑似患者的肌肉組織中採集RNA;其中13名患者攜帶已知影響轉錄的遺傳變異，50例患者則沒能得到遺傳分析後的準確診斷。研究人員使用基因型組織表達（GTEx）聯盟項目使用的方案對上述病例進行了RNA-seq，將測序結果與GTEx項目的184個骨骼肌RNA-seq對照樣品進行了比對，找出了這些患者獨有的轉錄水平變化。

事實上，RNA-seq對於這一疾病的診斷率已經達到了35％，準確診斷出了17例未經遺傳分析的疾病患者。同時，RNA-seq也能在一定程度上完成對編碼和RNA剪切之後核算的準確檢測。對於孟德爾肌肉疾病，RNA-seq提供了更為準確的診斷洞察力。例如，RNA-seq揭示了WES沒能體現的神經肌病患者NEB基因外顯子延伸事件，以及TTN基因中的致病性錯義變體和RYR1中引起外顯子剪接增益的同義變體。這些基因的異常表達與胎兒運動不全，先天性纖維類型不成比例和α椎間盤突出症等疾病都存在一定關係。

研究人員在8名患者中確定疾病相關的非編碼序列變異，其中包括Duchenne肌營養不良相關的內含子變異，這種變異在WGS或WES單獨檢測的三名患者中表現為假外顯子，而RNA-seq卻能更為準確地揭示這些變異的存在。

最後，通過對這些肌肉疾病患者的轉錄組的評估，研究人員確定了一種新的重症膠原性肌營養不良基因亞型; RNA-seq在COL6A1攜帶者中鑒定出內含子包含事件，這種變異導致Ⅵ型膠原蛋白結構區域中的24個氨基酸發生改變。在膠原蛋白髮生變異的病人中，另外27名患者也檢測到了其他方法沒能準確診斷的內含子包含VI型肌營養不良症。「 RNAseq可以大大提高患者的序列外顯率以及全基因組分析不能準確體現的分子指標檢出率」。文章的作者最後總結道。

參考資料：The diagnostic power of RNA-seq

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