如何快速批量找到轉錄本序列的開放閱讀框 ORF

做完轉錄組後，我們會獲得很多基因的轉錄本序列，如何分析這些轉錄本序列的開放閱讀框（ORF），然後找到對應的蛋白呢？今天就為大家介紹一下使用頻率最高的軟體，NCBI的ORF Finder，以及另一款可以進行批量分析的軟體getORF。

1.ORF Finder

ORF Finder是NCBI開發的一個在線分析轉錄本序列ORF的工具，與NCBI整合地很好。在百度裡面搜索即可得到：

點擊第一個或者第二個條目，即進入ORF Finder的頁面，如下。在搜索框中輸入一段轉錄本序列，也可以寫NCBI的GI號碼。在搜索參數部分，還可以設置最小ORF序列長度，遺傳密碼子一般就選擇standard，當然對於原核生物，也可以點開下拉框找到對應的物種類別。起始密碼子start codon一般選擇ATG only，如果想得到儘可能多的ORF也可以選擇第三個選項，這樣得到的ORF就不是以ATG開頭了。

最終得到的ORF序列以圖形的形式展現，可以很直觀地比較ORF的位置和長度，如下：

點擊不同的ORF即可給出相應的氨基酸序列，也可以設置為顯示DNA序列或者DNA和protein相互比較的序列形式，如下圖標紅框的部位。接下來的問題是，如何知道預測出來的氨基酸序列是否可靠呢？一般最長的氨基酸序列就是比較可靠了，也可以直接點擊BLAST對得到的氨基酸序列進行blastp分析，看能否比對到已知的蛋白序列上。

點評

NCBI的ORF Finder簡單易用，結果的展現形式也很直觀，還能直接對得到的氨基酸序列進行blastp分析，以驗證ORF的可靠性。但缺點是不能進行批量處理，只能一個一個轉錄本序列進行分析，這對於手上握有大量數據的同學，就有點慢了，下面介紹一款可以批量進行ORF預測的軟體。

2.getORF

getORF也是一款經典的用於分析轉錄本序列ORF的軟體，屬於EMBOSS軟體包。百度搜索一下getORF，會出現多個條目，是不同的科研單位搭建的在線運行getORF的平台，都可以用，小編在這裡推薦一個速度比較快的平台http://emboss.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/getorf，界面如下：

getORF與ORF Finder最大的不同就是可以上傳fasta格式存儲的序列（不知道什麼是fasta格式的同學請自行百度），這樣就可以一次上傳很多條轉錄本序列，批量進行處理。其它的設置與ORF Finder相同，可以設置ORF長度最大和最小的限制，也可以選擇是否以ATG開頭（Translation of regions between START and STOP codons），默認是不以ATG開頭（Translation of regions between STOP codons）。

在高級設置裡面還可以有多種設置，默認即可。輸出的格式也可以有多種選擇，還可以填寫自己的email地址，會發送結果文件的鏈接到郵箱。最終的輸出結果如下圖，同一個轉錄本的不同ORF用後綴的數字表示（_1，_2…）。輸出結果可以進行複製保存，然後提交到blastp進行分析。

點評

getORF最大的優勢是可以進行批量處理，預測得到的ORF也很多，但界面的呈現不如ORF Finder直觀。

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