如何查詢和展示一個基因在組織和細胞株裡面的表達？

大家在研究某個分子的時候，常常需要了解下某個基因在各個組織和細胞中的表達，今天我們就介紹兩個工具：

（1）The human protein atlas

這個資料庫我們前面介紹過（（工具篇）S5E50：航母級神器——蛋白組學結果大收錄！），功能非常強大，我們舉例查詢一下基因Sox2在組織和腫瘤中的表達情況：

首先輸入sox2,

接下來選擇第一個,

打開後我們看到可以查詢組織、細胞和腫瘤中的表達情況：

組織：

分別是蛋白表達和mRNA表達。單擊細胞後，各個細胞系裡面的表達：

以及在細胞內部的定位：

最後是腫瘤裡面的免疫組化結果：

（2）CCLE：CancerCellLine Encyclopedia

網址：https://portals.broadinstitute.org/ccle/home

下面我們看一下怎麼操作，在右上角的search框輸入基因名：sox2

提交後在彈出的界面里選擇sox2單擊：

下面是打開的界面：

這裡展示的就是sox2在各個組織類型的細胞裡面的總體表達情況，這是箱式圖，下面是散點圖：

我們可以下載數據，下載後可以直接用morpheus（https://software.broadinstitute.org/morpheus/）展示：

也可以用graphpad自己繪製表達情況：

用origin8自己繪製：

關注後獲取《科研修鍊手冊》1.0、2.0、3.0、4.0、基金篇精華合集

喜歡這篇文章嗎？立刻分享出去讓更多人知道吧！