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細菌基因里的小動畫,「高」清有「馬」!

GIF/49K

這是一段畫質感人的小動畫,它總共只有5幀,每一幀都是36 × 26的超粗糙黑白像素。但它又十分特別,科學家們成功地將這段小動畫以DNA編碼的形式,存入了一群活的大腸桿菌當中,然後又用高通量測序的方法重新讀取數據,還原出了圖像。7月12日,哈佛醫學院的研究者們在《自然》上發表了這項研究成果。

這裡所使用的圖像,是電影史上一個經典的開端:埃德沃德·邁布里奇所拍攝的奔跑的馬。

研究者們把每一幀圖像分解成一個個黑白像素點,然後用DNA編碼每個像素點的灰度參數以及它們所處的位置。然後,研究者再用基因編輯技術CRISPR將每一幀的信息依次按順序插入了細菌們的基因組。存入的信息大約共有2.6kB。

他們分別試驗了靜態的和動態的黑白像素圖,結果,從細菌當中還原出的畫面可以達到90%的準確程度

下面是靜態圖像的還原效果,一隻像素化的人手:

(左邊是原始圖像,右邊是經過N代生長之後從細菌中還原出的圖像)

我們可以用細菌保存小電影了嗎?其實並不能。毫無疑問,目前這項技術仍有很大的局限性,比如,按順序逐幀「寫入」的速度相當慢,前後一共花了5天。另外每一個像素點的信息其實都是單獨一段序列,能拼出整幅圖得靠一大堆細菌數據的集合才行。

最後還是回到一個最老套的問題:這東西到底有什麼用?其實和之前介紹過的彩色感光細菌類似,研究者這樣做的目的,主要還是完善技術,以及測試生物技術應用的種種可能性。現在並不能說,在DNA和活細胞基因組中存儲信息,是一種實用的方法,但是,畢竟各種好用的新東西,都是在不斷嘗試中誕生的,所以這些嘗試還是有它的價值所在。

順帶一提這種方法只是把編碼好的信息存進了活細胞,並不代表生物自己能「讀取」其中的信息,讀取還是只能通過測序進行,所以是不可能用它來移植記憶的。而且哺乳動物細胞也還不適用這種操作。

附一點CRISPR的解釋:

CRISPR/Cas系統可以看成是細菌的一種免疫機制,細菌用它來抵抗病毒感染。

這套系統會把外來入侵的DNA片段,放進細菌基因組的特定位置「存儲」下來,這樣就能對相應的病毒產生「記憶」。存放病毒特徵的這段DNA叫「規律間隔成簇短迴文重複序列」(真特么長),它的縮寫就是CRISPR。

當病毒再入侵時,通過「記憶」的片段,細菌可以產生對應的RNA,以此引導核酸酶去剪切入侵的病毒基因。這個酶就叫Cas。

生物學家們可以用這套系統做很多事情。它為研究者提供了一把有針對性的「基因剪刀」,可以在需要的地方「裁剪」DNA分子。而在這個研究里,利用的則是把外來DNA存儲「記憶」的部分,這樣就可以把編碼好的信息,放進大腸桿菌的基因組。

作者:窗敲雨

來源:酷炫科學

排版:紅色皇后

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