謎題終有解：滿月娃的腸菌，到底幾成來自母親乳房？

今天是第442期日報。

JAMA子刊：滿月嬰兒，38%腸道菌群來自母乳和乳暈！

JAMA Pediatrics

[IF:10.251]

2017-07-01

收集107對母嬰的母乳、乳暈皮膚、嬰兒糞便樣品，分析菌群組成，嬰兒的中位數年齡為40天； 3種樣品中的細菌群落的組成及多樣性均存在差異； 相比於任意一位母親，嬰兒的腸道菌群群落與自己母親的母乳菌群及乳暈皮膚菌群更加相關； 在出生的前30天中，母乳餵養比例在75%以上的嬰兒平均獲得27.7%的母乳菌群及10.3%的乳暈皮膚菌群； 細菌多樣性及組成的改變與母乳餵養比例相關，並呈現出劑量效應，即使在引入固體飲食後也有同樣表現。

Association Between Breast Milk Bacterial Communities and Establishment and Development of the Infant Gut Microbiome

DOI：10.1001/jamapediatrics.2017.0378

關鍵詞：母乳菌群，乳暈皮膚菌群

Gordon等Science發聲：靶向菌群的食物到底該怎麼監管？

Science

[IF:37.205]

2017-07-07

可促進健康菌群的飲食稱為菌群靶向性食物（MDF），其分類定義尚未明確； 一種區分MDF與傳統食物的方式：是否有意將食物設計成可特異性改變菌群特徵； 實踐中，靶向菌群的成分通常已存在於或被添加進已有的食物產品中； 若MDF中的成分達到公認安全（GRAS）標準，區分其與傳統食物並非必要； 若MDF被分類為膳食補充劑，需聲明其營養成分及健康效應； 可促進菌群產生必需養分的MDF，若不滿足分類為正常食物的條件，則可分類為醫療食品。

Food and microbiota in the FDA regulatory framework

DOI：10.1126/science.aan0836

關鍵詞：菌群導向性飲食（MDF）

Cell：腸道如何感知、聞味和交談？

Cell

[IF:30.410]

2017-06-29

腸-腦軸在一系列穩態過程中發揮重要作用； Bellono等採用小腸類器官培養，鑒定出分泌血清素的腸內分泌細胞（EEC）感知的各種腸腔刺激，這些細胞稱為腸嗜鉻細胞（EC），通過功能性突觸互作直接與神經元溝通， EC細胞感覺譜廣泛； 類器官系統方法應用前景廣泛，可應用於健康或疾病受試者的樣本； 通過這些分子操控腸-腦-胰腺軸，可用於影響食物攝取、葡萄糖加工、血清素和胃腸動力，可望改變肥胖、糖尿病或胃腸動力障礙等的治療。

How the Gut Feels, Smells, and Talks

DOI：10.1016/j.cell.2017.06.023

關鍵詞：腸-腦軸，類器官培養，腸內分泌細胞，腸嗜鉻細胞，突觸

Cell：腸嗜鉻細胞——腸-腦軸中的化學感測器

Cell

[IF:30.410]

2017-06-29

5羥色胺能腸嗜鉻細胞可作為化學感受器，將感知到的化學信息傳遞給神經系統，這一過程的具體機制尚未明確； 本文通過培養腸道類器官及單細胞技術，闡明了腸嗜鉻細胞的內在生物物理、藥學及遺傳學特性； 腸嗜鉻細胞表達電壓門控離子通道及特異性化學感受性受體，後者可感知代謝產物、刺激物和兒茶酚胺； 腸嗜鉻細胞的活化導致電壓門控鈣離子通道依賴性5羥色胺釋放，從而通過突觸連接調節5羥色胺敏感性初級傳入神經纖維。

Enterochromaffin Cells Are Gut Chemosensors that Couple to Sensory Neural Pathways

DOI：10.1016/j.cell.2017.05.034

關鍵詞：腸嗜鉻細胞，腸-腦軸，神經系統

Gigascience：宏基因組學研究流程如何標準化？

Gigascience

[IF:6.871]

2017-06-20

只有宏基因組分析的工作流程是一致描述的，獨立進行的研究中的數據才具有可比性； 宏基因組學的基本步驟包括採樣、測序、數據分析、數據存檔與發表，每一個步驟均強調基本的變數參數和通用的數據格式； 本文利用海洋研究作為例子，總結了在宏基因組實驗中採樣加工過程和測序程序的基本變數； 採集與分析相關的關鍵元數據確保可重複性，有助於更好地分享宏基因組數據集，最終深化對宏基因組數據的再利用。

The metagenomic data life-cycle: standards and best practices

關鍵詞：宏基因組，元數據，可重複性，採樣，測序，數據分析，數據存檔

Gut：16年隨訪證實，幽門螺桿菌感染促進胃癌前病變

Gut

[IF:16.658]

2017-06-24

795例胃癌前病變的患者，基線時隨機接受抗幽門螺桿菌治療，基線、3、6、12和16年時進行胃活檢，總計456例患者參加了16年的隨訪； 16年持續感染幽門螺桿菌的患者進展為晚期疾病的可能性高於清除感染且保持陰性的患者； 不完全型腸上皮化生（IM）進展為腫瘤的風險高於完全型，幽門螺桿菌持續感染患者平均組織學評分每年增加0.2個單位； 無IM的萎縮性胃炎患者，感染累計時間對組織學評分的進展的影響大於IM患者。

Dynamics of Helicobacter pylori infection as a determinant of progression of gastric precancerous lesions: 16-year follow-up of an eradication trial

DOI：10.1136/gutjnl-2016-311685

關鍵詞：萎縮性胃炎，腸上皮化生，幽門螺桿菌，胃癌前病變

JHI：吸煙，讓艱難梭菌感染更難治！

JOURNAL OF HOSPITAL INFECTION

[IF:3.126]

2017-06-24

納入953名符合標準的患者進行回顧性隊列研究，評估吸煙與艱難梭菌感染預後的關聯； 複發性艱難梭菌感染（CDI）、三十天內的重新入院率、診斷後48h內的CDI嚴重程度、治療完成前的死亡與吸煙無關； 吸煙與兩周內治療失敗相關，與無吸煙史患者相比，有吸煙史的患者在14天內被治癒的可能性顯著降低； 該研究支持將吸煙史作為預測艱難梭菌感染治療預後的篩選工具。

Tobacco use as a screener for Clostridium difficile infection outcomes

DOI：10.1016/j.jhin.2017.06.026

關鍵詞：艱難梭菌感染，吸煙史

SR：更準確檢測蚊子體內真核微生物的新方法

Scientific Reports

[IF:4.259]

2017-06-12

按蚊是惡性瘧原蟲的中間宿主，中間宿主菌群是影響瘧疾傳播的一個因素； 檢測蚊子體內的真核微生物易受到蚊子自身的宿主序列的干擾； 檢測兩種實驗性PCR膜片鉗方法，以從真核菌群中高通量、特異性擴增18s rRNA基因高度變異區域：阻斷抑制退火的引物和肽核酸（PNA）寡核苷酸阻斷劑； PNA阻斷劑可有效減少檢測到的蚊子自身的宿主18s rRNA序列； 利用PNA阻斷劑，易於對甘比亞按蚊複合種屬體內的真核微生物進行分類學研究。

Preferential suppression of Anopheles gambiae host sequences allows detection of the mosquito eukaryotic microbiome.

關鍵詞：惡性瘧原蟲，甘比亞按蚊，肽核酸

Microbiome：植物根圍菌群，也按生物鐘晝夜變化

Microbiome

[IF:8.496]

2017-06-24

生物鐘調節植物代謝功能，植物根圍菌群影響植物的生長、健康和發育； 對比野生型擬南芥和異位表達生物鐘相關cca1轉錄因子的OX34突變株的根圍菌群； 野生型植物的根圍菌群呈現出明顯的晝夜差異，13%的菌群表現出周期性，伯克氏菌科等細菌的丰度呈現出與光照周期相關的波動； 土壤菌群及CCAox34突變株的根圍菌群僅表現出有限的周期性，僅有短柄草屬呈現出較弱的周期性； 參與碳水化合物代謝的基因在黎明前或深夜的樣本中丰度更高。

Diurnal cycling of rhizosphere bacterial communities is associated with shifts in carbon metabolism

關鍵詞：擬南芥，晝夜節律，根圍菌群

感謝本期日報的創作者：沈志勛，花開，女巫

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