由於腸毒綜合症雖然可引起生長速度下降、料肉比增高，但引起的死亡率並不是特別大，所以往往被人們所忽視，有的養殖戶由於對本病的認識不足，在治療時往往走入誤區。

誤區一：用多種維生素

多種維生素可以補充營養、增強機體抵抗力，但是雞患腸毒綜合症時要禁止使用，不但如此，大腸桿菌、 沙門氏菌及其它致病菌引起的消化道也不能用。因為發生腸毒綜合症時，腸道功能已經紊亂，會造成營養吸收障礙，有害的物質卻沒少吸收。同時飼料在消化道內和脫落的腸黏膜混合在一起，導致細菌大量繁殖，此時如果增加多種維生素，一則吸收不了，二則增加了腸內容物的營養反而利於有害菌繁殖，對治療有百害而無一利。

誤區二：發病早期用猛葯

在腸毒綜合症發現的早期，人們往往像對待其他傳染病一樣，抓緊時間下猛葯治療，但結果往往是用藥後死亡率立刻顯現，並且治療兩個療程以上才有所減輕，為什麼？原因很簡單，革蘭氏陰性菌在腸道大量繁殖，可導致腸道消化功能紊亂，使球蟲繁殖釋放大量有害物質，再加上使用大劑量抗生素治療後，革蘭氏陰性菌死亡解體釋放的超劑量內毒素，可引起機體調節系統紊亂甚至休剋死亡。

誤區三：強制止瀉

很多疾病都能引起腹瀉，腸毒綜合症更是如此，發生腸毒綜合症後病雞通常排黃色、暗紅色、褐色糖稀樣的糞便，很多獸醫工作者的第一反應通常是立即用藥止瀉，彷彿止瀉成功與否決定了治療的成敗，但是腸毒綜合症死亡率高的原因不在於腹瀉，而是自體中毒，因此如果強制止瀉反而加劇了自體中毒，死亡率會不降反升，或者是投藥數天後效果不佳。所以，發生腸毒綜合症應該是引導排毒，而不是一味止瀉。

誤區四：拌料給葯

腸毒綜合症會導致肉雞不斷勾料(把料筒的料勾到地上)，再加雞隻發病後採食量會出現不同程度的下降，如果此時拌料給葯，就會導致飼料被大多數健康雞和癥狀輕微的雞吃了，病雞沒食慾，或者吃的很少，達不到治療效果，不能產生應有的療效。

治療腸毒綜合症第一要務是治療球蟲，用磺胺葯才是正確的選擇。可首先在飲水、飼料中使用磺胺類藥物（鑫吡安），球蟲藥用到第3天時使用抗生素，氨基糖苷類和喹諾酮類聯合使用效果不錯；對細菌、 病毒混合感染的情況，在使用大環內酯類藥物的同時要加入抗病毒藥物，同時添加黃芪多糖粉。

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