植物研究,沒你不行!
準備國自然基金時,研究人類疾病有Genecards和The Human Protein Atlas這樣的航母級資料庫可以用(準備國自然基金,這兩個資料庫好用到爆!),那麼植物研究中有沒有這樣的資料庫呢?答案當然是肯定的!
首先我們看一下TAIR在檢索基因信息方面表現如何,我們試一個AP1
基因信息包括基因的別名、基因類型、基因描述、基因序列信息、染色體定位、功能注釋、基因保守性等(下圖是截取的部分結果)。
TAIR的搜索功能不僅僅局限於Gene,還包括代謝通路啦、文章啦,甚至還能進行「人肉搜索」,八卦你感興趣的大牛或實驗室,扒拉扒拉他們都幹了些什麼~
就能搜這些了?不不不,還有些好東西可以搜,比如Protocols、基因表達情況。
不得不說,它藏的有點好,幸好本宮早就練成了火眼金睛!
Protocols一般用TAIR提供的關鍵詞搜索就夠了,如果不行再試試上面的Search Term。
最後根據搜索結果查看相應的文獻即可
查看基因的表達情況用Microarray Expression
搜索功能就介紹到這裡,接下來說說TAIR中的工具。既然TAIR包含了完整的擬南芥基因信息,那自然少不了基因序列分析和比對的工具,比如BLAST、motif analysis、GBrowse等。
BLAST主要用於序列比對,之前介紹過一大波工具、資料庫丟你一臉,GBrowse有點類似UCSC這是一個神奇的網站:UCSC Genome Brower
Motif analysis則是分析多個基因啟動子序列中6字序列的出現頻率
GO Term Enrichment可以提供包括擬南芥在內的9種植物的GO注釋
AraCyc Metabolic Pathways中則能獲取源於AraCyc數據的代謝通路信息。
Chromosome Map Tool可以讓我們在染色體的圖示上做一些簡單的標註,比如我們想在染色體上把AP1標註出來
畫圖基本功好的童鞋請忽略此功能!
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