Personalized Cancer Therapy：精準腫瘤學資源
1網站基因信息
單個基因表是網站布局的基礎。為了充分注釋並在網站上公布，基因必須滿足一系列初始可行性標準：（i）基因必須是與癌症發展或進展相關；（ii）必須有證據表明在治療上靶向基因或其途徑可能導致腫瘤抑制;（iii）靶向基因產物或其下游結果（例如下游信號傳導）的藥物是FDA批准的或正在進行臨床研究.PODS小組的成員基於現有可用科學數據的強度選擇基因，同時也從MD Anderson臨床醫生和研究人員的輸入中選擇基因。一旦選擇了一個基因進行注釋，系統的科學文獻回顧就會生成網站基因頁面部分的內容（圖1）。大部分內容是使用PubMed或互聯網搜索引擎的手工文獻綜述生成的，但網站也在開發和使用半自動化的方法。
1單核苷酸或基因融合變體的功能注釋
對於變體的功能注釋，我們在PODS資料庫中編譯獨特的變更。這包括體細胞或種系單核苷酸改變，以及小的插入或缺失。用於功能注釋的資源包括cBIO，COSMIC，下一代測序平台中包括的改變，在個別病人報告的注釋過程中遇到的更改，以及發表文章中的發現。
網站手動審查檢索的文獻並編寫變體的功能注釋。每個變體的優先順序都根據其在諮詢資料庫中報告的頻率，公布的功能，或治療的數據確定。只有明確的臨床或臨床前數據的變化才會發布到網站上。
1藥物注釋：確定藥物-基因關聯
為了生成與感興趣基因相關的藥物列表，網站使用在線資料庫和科學文獻對藥物進行分類。這些資料庫包括美國國家癌症研究所（NCI）藥物詞典，Selleckchem.com，medkoo.com，藥物基因相互作用資料庫（DGIdb）和ClinicalTrials.gov。
然後，網站標記每種藥物與潛在的相關生物標誌物。 目前對於PODS，生物標誌物是指基因組或蛋白質表達水平的改變。網站記錄的報道從每個變更背景下的科學文獻的特定藥物的IC50，然後根據專一性對每個直接和間接藥物靶標進行排序。如果藥物在生化檢測中能夠抑制基因編碼蛋白的活性（IC50
FDA批准的藥物也標有每個批准的疾病類型，生物標誌物和任何其他可聯合使用的藥物。只有直接或間接定位感興趣基因的臨床上可用的藥物（即經FDA批准或正在臨床試驗中進行積極調查的藥物）才會自動發布到各自基因頁面的「藥物」選項卡上。
1治療影響
為了描述攜帶特定生物標誌的特定腫瘤類型中，特定藥物的有效性水平，我們對治療效果進行注釋。RetriLite用於從MEDLINE摘要中檢索與潛在治療含義相關的科學文獻。然後對文獻進行手動評估，並對藥物，基因改變，疾病和證據水平進行分層。
分層級別如下：級別1：包括具有與生物標誌物評估（在特定疾病的情況下）相關的治療功效的強有力證據的前瞻性研究，通常在生物標誌物的情況下經FDA批准該藥物; 級別2：包括對特定腫瘤類型的回顧性研究或來自另一種腫瘤類型的臨床數據; 級別3：包括具有科學依據的案例研究或將生物標誌物與藥物功效聯繫起來的高質量臨床前數據。網站還報告了相互矛盾的數據，以及生物標誌物可能賦予對特定藥物或某類藥物的抗性的證據。
1臨床試驗注釋
我們使用內部信息學工具來確定臨床試驗。 試驗檢索利用PODS資料庫中注釋藥物的直接和間接基因目標信息。 一旦為感興趣的基因產生了一系列試驗，每個試驗都通過匯總來自Clinical- Trials.gov和MD Anderson的內部臨床試驗管理系統的信息加以注釋.
當一個基因進入系統時，使用之前在資料庫中注釋的與該基因相關的藥物進行試驗。臨床試驗信息學工具以編程方式與ClinicalTrials.gov的Web應用程序編程介面（API）進行交互。通過這個，我們可以檢索使用一種或多種有針對性的感興趣的療法治療癌症患者的公開試驗。 PODS小組隨後手動注釋這些試驗的藥物，疾病和生物標誌物。試驗被指定為「基因型選擇」（即，需要特定基因組改變用於登記的試驗）或「基因型相關的」。
參考文獻：
Kurnit, K.C., et al.,"PersonalizedCancer Therapy": A Publicly Available Precision Oncology Resource.Cancer Res, 2017.77(21): p.e123-e126.
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