又一重鎚：QIAGEN助力液體活檢新突破
近些年來，液體活檢技術的不斷發展為癌症領域帶來了重大突破，這種非侵入性的檢測方法可通過檢測血液中「殘留」的突變基因為腫瘤的早期診斷、伴隨診斷等帶來了新的希望，但其進一步廣泛的應用仍受制於目前檢測靈敏度及精確度的限制。而在近日，來自約翰·霍普金斯大學的研究團隊在之前研究的基礎上實現了又一重大突破，他們聯合應用遊離DNA和蛋白腫瘤標誌物檢測，開發了一種新型液體活檢技術——"CancerSEEK"，可以一次檢測8種不同的早期腫瘤 。1月19日的《科學》(Science) 在線發表了這一最新研究成果，為實現更為便捷有效的早期診斷奠定了基礎，從而幫助患癌人群更加及時地進行有效治療，可為液體活檢領域的一項重大突破！
高效的遊離DNA自動化提取
該團隊一直評估並改進血液樣本中遊離DNA的突變檢測這一液體活檢技術需要重點解決的難點問題。來自約翰·霍普金斯大學的團隊一直評估並改進血液樣本中遊離DNA突變檢測這一液體活檢技術需要重點解決的難點問題，並最終選擇了來自QIAGEN的QIAsymphony自動化核酸處理平台來完成高質量的核酸提取工作，以實現提取結果的高效、一致及完全自動化。該團隊信賴QIAGEN專業的核酸純化方案強有力的幫助突破檢測靈敏度、可重複性的限制，因而在此項研究中所涉及的血液樣本、FFPE樣本中的基因組DNA和遊離DNA提取均採用QIAsymphony自動化核酸處理平台來完成。
作為QIAGEN自動化解決方案的傑出的代表，QIAsymhony可讓您的日常樣本製備和分析流程標準化並完全自動化，每次運行可同時處理1-96個樣本，支持多種樣品管、微孔板及模塊的載入，具有無與倫比的靈活性。其獨特的樣本管條碼掃描、試劑耗材庫存掃描、液面高度檢測、防漏液保護裝置以及移動紫外裝置等安全性設計，也為樣本的追蹤管理以及實驗安全性提供了全方位的保障。QIAsymphony試劑盒，以QIAGEN Quality為後盾，全面覆蓋多種起始材料和應用，從而極大的提高實驗室的效率。標有條形碼的QIAsymphony即用型試劑條，預裝有純化過程所需的所有試劑，簡便易用，可支持最多2種不同試劑盒4種不同程序的同時使用，讓96個樣本在同一次運行中開展不同的純化程序。
QIAGEN在液體活檢樣本製備領域一直致力於為客戶提供最先進的解決方案，QIAsymphony自動化系統從2015年開始便支持對於來自血漿等無細胞體液樣本中遊離DNA的自動化提取，利用4mL標準提取程序，可實現最多96個樣本的高通量完全自動化提取。QIAsymphony液體活檢方案已經服務於全球範圍內多個領域的眾多用戶，成為液體活檢遊離核酸自動化處理的行業金標準。值得指出的是QIAsymphony配合PAXgene Blood ccfDNA Tube，可帶來遊離DNA樣本採集、穩定及純化高度整合一體化自動化方案。PAXgene Blood ccfDNA Tube基於帶有Hemogard安全管塞的BD Vacutainer采血管，支持離心後無需轉管直接上機QIAsymphony平台，結合特殊的穩定保護機制可最大程度地防止血液樣本在長時間的運輸過程中發生紅細胞破裂、基因組DNA污染等情況。更重要的是其中不含有任何交聯劑成分，可保持遊離DNA穩定在最原始的狀態，在後續進行高靈敏度的腫瘤變異檢測以及甲基化分析時，具有里程碑的意義。
更為精準的遊離DNA突變檢測
在獲取高質量的核酸之後，CancerSEEK面臨的另一項重要挑戰是從有限的遊離DNA中進行更為精準、靈敏的變異檢測，為此研究針對8種腫瘤相關的驅動基因設計了一個包含61個擴增位點的靶向測序Panel，不僅確保了腫瘤類型以及變異位點高度覆蓋，也為成本的控制、效率的提升提供了最優化的解決方案。值得一提的是，為了降低靶向富集與測序過程可能引入的擴增偏倚與錯誤，該項目的研究團隊在進行目標區域的多重擴增時，利用了分子條形碼策略來實現突變檢出的真實性評價，為遊離DNA的靶向測序結果提供了強有力的保證。
眾所周知，隨著突變位點檢測要求的提高，傳統基於多重PCR的靶向Panel由於測序深度的提高而存在大量背景噪音，已嚴重限制了靶向測序技術在更高數據精度要求的檢測如液體活檢中的深入應用。正因為如此，基於「分子條形碼(Molecular Barcode)」技術的新一代多基因檢測產品QIAseq Targeted DNA Panels應運而生。作為QIAGEN推出的第三代靶向測序產品，通過分子條形碼技術的引入，使得樣本中單一DNA模板分子上都會高效地引入一個獨特的分子標籤，從源頭對不同來源的模板DNA進行區分。這樣在進行數據分析時，可以根據分子條形碼序列的識別來確定來自同一DNA模板擴增出的片段，通過進一步的分析，從而過濾掉PCR錯誤及測序錯誤，提高了檢測的靈敏度和突變頻率準確性。此外，獨特的單端特異性延伸引物設計(SPE)，也為提高特殊樣本如cfDNA的擴增覆蓋度及測序數據的有效利用提供了強有力的支撐。
QIAGEN已推出多款基於分子條形碼的預製Panel產品，並可針對客戶的實際需求提供人類基因組上的靶向基因、染色體區段以及特定位點進行多種個性化定製服務，目前在全球範圍里的多項科學及臨床研究項目中被廣泛使用。
【延伸閱讀：EGFR靶向新葯泰瑞沙上市了，但靶向測序技術呢?】
作為液體活檢領域的行業領導者，QIAGEN持續致力於為廣大的科研、臨床工作者提供完整而高度整合的液體活檢Sample to Insight整體解決方案，覆蓋液體活檢研究中遊離核酸、循環腫瘤細胞，外囊泡體的各個方面，為克服工作流程中的瓶頸環節提供了強有力的支持，助力廣大用戶在液體活檢等眾多領域取得進一步的突破。
歡迎關注「凱傑生命科學」微信公眾號
TAG:凱傑生命科學 |