Nature又雙發，菌群速入佳境

今天是第644期日報。

Nature：斷奶前後，不同淋巴細胞接力塑造腸道菌群

Nature

[IF:40.137]

① 分節絲狀菌等腸道共生菌通過IL-22和IL-23誘導3型天然淋巴細胞（ILC3）和腸上皮細胞（IEC）中STAT3磷酸化（pSTAT3）；② 隨著斷奶期腸道共生菌迅速增殖，適應性免疫的CD4+T細胞發育成熟，這種短暫的早期pSTAT3特徵隨即消失、ILC3活性被抑制，與菌群的非炎性共生得以建立；③ 天然淋巴細胞和適應性淋巴細胞通過不同方式控制腸道菌群增殖；④ 缺少適應性免疫時，ILC3持續活化並分泌IL-22，使小腸上皮細胞脂質轉運蛋白表達減少，脂代謝受損。

Innate and adaptive lymphocytes sequentially shape the gut microbiota and lipid metabolism

2018-01-22 DOI: 10.1038/nature25437

Nature：一文讀懂皮膚菌群（必讀綜述）

Nature

[IF:40.137]

① 皮膚菌群由細菌、古細菌、真菌和病毒組成，其與宿主的相互作用在皮膚生理免疫中扮演重要角色；② 皮膚菌群可生成各種生物活性分子，抑制病原體入侵，刺激表皮細胞產生免疫因子，作用於局部免疫細胞和外周神經系統，甚至促進傷口癒合；③ 細菌和真菌表面富含免疫原性分子，通過多種宿主受體驅動促炎症或抗炎症反應；④ 皮膚菌群成員可在共生性和致病性間轉化，受宿主免疫狀態、遺傳易感性、皮膚屏障狀態、菌群內部相互作用等多種因素調控。

Skin microbiota–host interactions

2018-01-24 DOI: 10.1038/nature25177

Cell子刊：增重或減重期間的綜合組學特徵

Cell Systems

[IF:8.406]

① 23名健康受試者在試驗期間經歷30天增重、7天體重維持、30天減重；② 分析受試者在體重變化期間的綜合組學特徵：血漿蛋白組、代謝組，PBMC基因組、轉錄組、蛋白組，糞便微生物丰度/基因，血清細胞因子；③ 增重與血液中的炎症及肥厚型心肌病特徵的激活相關，減重可逆轉部分因增重帶來的變化，但大多數變化可能長期持續；④ 與胰島素抵抗相關的組學特徵或可用於診斷；⑤ 某些分子高度個體化且在試驗期間保持穩定，提示個性化生物標記物的存在。

Integrative Personal Omics Profiles during Periods of Weight Gain and Loss

2018-01-16 DOI: 10.1016/j.cels.2017.12.013

TB：腸道菌群如何影響病毒感染

Trends in Biotechnology

[IF:11.126]

① 腸道菌群促進腸道病毒感染的機制包括：病毒結合細菌產物（LPS、HBGA）以增加病毒粒子的穩定性；② 結合了人諾瓦克病毒的細菌可被腸道上皮細胞（例如派爾集合淋巴結中的M細胞），使病毒通過腸道屏障而感染免疫細胞；③ 腸道菌群抑制腸道病毒感染的機制包括：某些細菌可結合病毒，抑制其與腸道上皮的結合併將其清除；④ 菌群-宿主互作促進免疫系統的抗病毒作用；⑤ 基於菌群的抗病毒療法包括：益生菌、糞菌移植、飲食、抗生素、疫苗、糖苷酶等。

Therapeutic Opportunities in Intestinal Microbiota–Virus Interactions

2018-01-23 DOI: 10.1016/j.tibtech.2017.12.009

Gut：如何治療克羅恩病患者的肛周瘺（綜述）

Gut

[IF:16.658]

① 儘管採用了抗腫瘤壞死因子（TNF）和新的護理模式，但最好的瘺管癒合率也只有50％；② 新的生物製劑、基於細胞的療法以及新穎的內窺鏡和手術技術或可用於今後的瘺管治療中；③ 其中，單抗藥物包括：Vedolizumab（α4-β7整合素抗體）、優特克單抗（IL-12/23 p40亞基抗體）④ 局部注射抗TNF也可能是傳統抗TNF療法的改進；⑤ 自體或異體來源的脂肪組織或骨髓間充質幹細胞、最新呃內窺鏡手術方法也可能幫助更好地治療克羅恩病患者的肛周瘺管。

Modern management of perianal fistulas in Crohn"s disease: future directions

2018-01-13 DOI: 10.1136/gutjnl-2017-314918

AS：或可利用腸道菌群預測結直腸手術後的吻合口漏

Annals of Surgery

[IF:8.980]

① 吻合口漏（AL）作為導致腸道切除手術中併發症和死亡的主要因素，其許多未知原因可歸結於腸道菌群；② 在未使用C-seal的患者中，高丰度的毛螺旋菌科和擬桿菌科細菌及較低的菌群多樣性與AL相關；③ 在使用C-seal的患者中，除少數機會性致病菌，未發現腸道菌群構成與AL的關聯；④ C-seal最初被設計預防AL但實際與此相反，或因C-seal改變了微環境利於機會性致病菌生長；⑤ 未來應研究相關機制，或可在術前通過飲食調節改善腸道菌群來降低AL風險。

Mucus Microbiome of Anastomotic Tissue During Surgery Has Predictive Value for Colorectal Anastomotic Leakage

Nature子刊：來自海洋被囊動物共生菌的抑HIV小分子

Nature Chemical Biology

[IF:15.066]

① 菌群宿主相互作用中的小分子天然化合物是潛在的藥物來源；② 從小型海洋被囊動物中分離出具有抗HIV活性的新成分，經化學、宏基因組學、合成生物學等方法鑒定是一種新型的羊毛硫抗菌肽（lanthipeptide），被命名為divamide；③ 該物質由被囊動物共生的藍藻細菌合成，合成途徑含6個基因，將這些基因轉化到大腸桿菌中誘導表達，可以異源合成多種類似化合物；④ 結構-活性關係研究表明，這些化合物的結構差異對其抗HIV活性有明顯影響。

Accessing chemical diversity from the uncultivated symbionts of small marine animals

2018-01-01 DOI: 10.1038/nchembio.2537

Nature子刊：如何解鎖海洋菌群中潛在的小分子藥物

Nature Chemical Biology

[IF:15.066]

① 70%的小分子藥物都與天然產物的發現息息相關，海洋無脊椎動物是已知的重要來源，不過這些產物一般都來自共生菌群；② 由於共生菌多樣性，兩個看起來一樣的被囊動物的代謝物可能一個具有抗病毒活性，另一個則不含活性成分；③ 只有整合宏基因組學、光譜學和合成生物學的個性化化學研究方案，才能細膩地揭示這類天然產物的合成途徑；④ 合成生物學異源合成新型抗病毒多肽，不僅能證明其合成途徑，其副產物還帶來豐富的產物多樣性。

Natural products: Tapping into personalized chemistry

2018-01-16 DOI: 10.1038/nchembio.2560

感謝本期日報的創作者：mildbreeze，沈志勛，Chillaxin，瀟洒小姐，gaoch

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