全基因組測序在細菌性傳染病檢測和監測中的應用

Kan B, Zhou H, Du P, Zhang W, Lu X, Qin T, Xu J. Transforming bacterialdisease surveillance and investigation using whole-genome sequence to probe the trace. Front Med. 2018 Jan 9. doi: 10.1007/s11684-017-0607-7. [Epub ahead of print] Review. PubMed PMID: 29318441.

雖然傳統和分子生物學方法已經解決了很多流行病學問題，然而在疫情爆發的及時發現和溯源方面仍有許多問題亟待解決。

隨著近年來高通量測序技術的發展，其立足於DNA水平，同時兼具了準確度高和通量大的特點，不僅在科學研究和臨床檢測方面發揮了巨大作用，也為疾病的預防和控制，特別是傳染病的檢測和監測帶來了新的方法。

這篇於2018年剛剛發布的精彩綜述，回顧並總結了基因組測序應用於流行病學研究的諸多方法和經典案例。篇幅所限，能力所限，筆者不能一一詳述，取其中一二精彩片段與各位共享。

子標題一覽

本文的子標題總結的非常精要，恰恰是基因組測序在疾控應用的幾個重要方向，例如

「Identifying outbreaks on the basis of bacterial genome sequencing」 -如何基於基因組信息發現疫情暴發

「Tracing pathogen transmission」-如何基於基因組信息追蹤病原體的傳播

「Discovering new modes or ways of transmission」-如何基於基因組發現新的傳播方式或模式

「Identifying new clones or clades」-基於基因組如何發現新的病原菌或新的型別

「Applications of bacterial genomic sequencing in regional and global surveillance networks for infectious diseases」-細菌基因組測序在傳染病區域和全球監測網路中的應用

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