ACEMD入門：利用HTMD進行項目實踐

序

前面幾篇介紹了ACEMD的安裝、入門使用以及可視化，本文將綜合前面的內容，實戰一個小的分子動力學項目。

Projections in HTMD

#!/usr/bin/python3

# coding: utf-8

# In[1]:導入模塊，開啟可視化

from htmd.ui import *

config(viewer="webgl")

%pylab inline

# In[2]:互動式可視化軌跡

mol = Molecule("ntl9_structure.pdb")

mol.read("ntl9_trajectory.xtc")

mol.filter("protein")

mol.view()

# In[3]:可視化PDB

crystal = Molecule("ntl9_crystal.pdb")

crystal.view()

# In[4]:計算rmsd,並繪圖

metr = MetricRmsd(crystal, "protein and name CA")

proj = metr.project(mol)

plt.plot(mol.fstep*np.arange(len(proj)), proj)

_ = plt.xlabel("Time (ns)")

_ = plt.ylabel("RMSD to crystal")

# In[5]:獲取項目的simlist

sims = simlist(glob("datasets/1/filtered/*/"), "datasets/1/filtered/filtered.pdb")

metr = Metric(sims)

metr.set(MetricDistance("protein and name CA", "resname MOL and noh", metric="contacts"))

data = metr.project()

data.fstep = 0.1

# In[6]:Working with data maps

print(data.dat[14].shape)

# In[7]:獲取map頭部數據

# In[8]:建立mapping，獲取其頭部數據

mapping = MetricSelfDistance("protein and name CA").getMapping(mol)

mapping.head()

# In[9]:索引pandas數據框

# In[10]:使用數據框索引

# In[11]:獲取map特定位置數據

data.map["description"][20]

參考資料

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