明朝時北京與南京的淵源
永樂年間，明成祖朱棣將明朝的首都從南京遷往北平，從此以後對中國未來幾百年間的政治經濟文化產生了深遠影響，為統一中國北方、控制全國政權，抗擊外族侵略起到了非常重要的作用，也為現在北京的繁榮奠定了基礎。
在遷都之前，明朝的首都乃是南京，當時的南京屬於南方的中心城市，南京地勢險要，四周是山，北高南低，易守不易攻。西邊有秦淮河入江，沿江多山磯。從西南往東北有石頭山、馬鞍山、四望山、盧龍山、幕府山，東北有寧鎮山脈的最高峰鐘山，北邊有富貴山、覆舟山，雞籠山，南邊有長命州、張公州、白鷺等沙州形成夾江，這些天然屏障拱衛著南京，使得歷代統治者都很看中這塊地。不僅如此，南京還交通便利，東南的太湖平原和錢塘江流域是水資源豐富的地方。沿江可上溯到九江、武漢，沿江下行可到上海，加上秦淮河與太湖水系，使得南京四通八達。
北平位於華北平原的北端，三面環山，俯瞰中原，用風水學來說就是具有帝王之氣。洪武元年（1368年），徐達攻克元大都，大都改稱北平。徐達將城中部分居民遷往開封，推到了元朝宮殿，其在舊址堆土築成景山；為了便於防守，將北面城垣南移。由於運河淤塞，南方的物資主要改由海運和陸運轉運。這樣，原本繁華的元朝京師大都城變成了一座相對冷清的北方邊城。
洪武三年，太祖四子朱棣受封燕王。洪武十三年，燕王之國，在北平設立王府，俗謂燕平。徐達死後，華北邊防部隊多由燕王節制，北平也就成為明朝北部邊防的中心。
靖難之役後
永樂元年（1403年），禮部尚書李至剛等奏稱，燕平北平是皇帝「龍興之地」，應當效仿明太祖對河南鳳陽的做法，立為陪都。明成祖於是大力擢升燕平北平府的地位，以北平為北平府，改北平府為順天府，稱為「行在」。同時開始遷發人民以充實北平；被強令遷入北平的有各地流民、江南富戶和山西商人等百姓等。
永樂四年，下詔以南京皇宮（南京故宮）為藍本，興建北平皇宮和城垣。
永樂七年，明成祖以北平為基地進行北征，同時開始在北平附近的昌平修建長陵。將自己的陵墓修在北平而不是南京，證明明成祖已經下定決心要遷都。
永樂八年，親征回師後，明成祖下令開會通河，打通南北漕運。永樂十三年完工，從此北平所需物資可以通過相對經濟地運輸。
永樂十四年，明成祖召集群臣，正式商議遷都北平的事宜。對於提出反對意見的臣工，明成祖一一革職或嚴懲，從此無人再敢反對遷都。次年，以南京紫禁城為模板的北平紫禁城正式動工。
永樂十八年，北平皇宮和北平城建成。北平皇宮以南京皇宮為藍本，規模稍大。新修的北平城周長四十五里，呈規則的方形，符合《周禮·考工記》中理想的都城的形制。明成祖下詔正式遷都，改金陵應天府為南京，改北平順天府為京師，但在南京仍設六部等中央機構，稱南京某部，以南京為留都。
政治和軍事
大都陷落、元朝滅亡約半個世紀後，全國的政治中心再度回到北方。自石敬瑭向契丹割讓燕雲十六州後，北平附近已有約500年不在漢族朝廷中央政權控制之下；而靖康之變後，整個華北地區也已經有近250年由異族統治。成祖遷都後，北平及其周邊成為明朝的核心統治地域，漢族政權對華北的控制達到前所未有的程度。
讚賞成祖遷都的意見認為，由於首都距離長城很近，中央政府可以有效地管理和調動軍隊抵禦侵略。成祖本人就曾以北平為基地五次北伐元朝的殘餘勢力，北平在軍事指揮上的優點是處於後方的南京無法比擬的。同時，天子戍邊的氣勢以及皇宮和先帝陵寢俱在前線的事實，使朝廷上下在面對危機時更有抵抗的決心；例如土木堡之變、平軍覆滅之後，明朝堅決地組織了北平保衛戰，而不是像西晉、北宋一樣放棄北方。
明朝初期，華北相對於江南的貧困相當明顯。北平的營建使北方的生產和人口迅速恢復。但是，作為一個巨大的消費城市，京師對物資的大量需求無法就近解決，必須依賴於大運河從江南轉輸。因此在明清兩朝，漕運均具有極其重要的經濟地位。漕運的繁盛帶動了運河沿線市鎮的發展，如揚州、臨清和滄州等，進一步促進了北方經濟的恢復。
而反對者一般認為，政治中心和經濟中心的過分遠離為明朝和繼之的清朝經濟增添了巨大的、不必要的負擔[6] 。另一方面，由於大運河關乎京師命脈，漕運從純粹的經濟行為上升為帶有明顯政治意義的行為。在運河沿線發生水患時，公家卻只會優先保護漕運的利益，而往往忽視周邊百姓的安全
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