2000年，VFA-115中隊成為第一個正式裝備F/A-18E的作戰中隊

F/A-18E/F是最新改型，E型為單座，F型雙座

採用了隱身外形設計，包括原來的圓形進氣道改為方形進氣道，塗漆含有吸收雷達輻射的材料。改換更大推力的發動機，推力加力達9986公斤。

前機身延長0.86米，翼展加寬1.31米，機翼翼面增大9.29平方米，因此翼載減小

水平尾翼也有所增大，後掠角減小

機翼及機身的改進令空氣動力性能有極大改善。其主要特點是增大了航程、每側機翼處增加1個外掛架，而且機翼內側掛架的最大掛載能力提高到2400kg,增加了載彈量和提高了作戰能力。

電子系統中約有90%與F/A-18C/D通用，雷達選用了AN/APG-73 （AN/APG-65的改型）。

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