太平軍過境全州，清軍為立功擊傷馮雲山，全州遭屠城
太平軍甩開清軍的數路圍追大軍星夜兼程，很快便抵達全州城外，剛走馬上任的全州縣知州曹燮得知太平軍大軍壓境心中惶恐不安。為了給自己壯膽，曹燮央求全州縣前任知州瑞麟與自己共守全州。由於之前的桂林之戰，企圖全殲太平軍的廣西清軍主力布防在桂林，所以，此時的全州城兵力非常空虛，城中僅有兵力400餘人。恰巧當時奉調入桂林作戰的湖南寶慶協督司武昌顯率兵500經過全州，看到全州的危險局勢遂留守全州。隨著武昌顯的加入，清軍在全州的兵力才勉強湊夠一千人。清軍一千兵力跟太平軍上萬大軍一比，曹燮等人不禁直打寒顫。
全州城
太平軍的目標是湖南，他們並不想在全州逗留，所以太平軍也希望全州的守軍不要輕舉妄動，大家井水不犯河水。雖然太平軍是這麼想，但是全州守軍卻另有擔心，特別是剛上任的曹燮，更是特別珍惜自己的仕途。如果一槍不發放太平軍過境全州，瀆職這一條罪狀就夠曹燮丟烏紗帽的了。看到劉長清、余萬清的上萬大軍近在眼前，再回望太平軍大軍的身影，曹燮覺得是時候向太平軍開火了，不然就沒機會了。看到太平軍殿後部隊有一頂氣派的黃轎經過，清軍立即開炮射擊，他們猜測轎中一定是重要人物。曹燮他們猜得沒錯，轎子里的人正是太平天國南王馮雲山。清軍這一炮把馮雲山打成重傷，南王奄奄一息。曹燮把馮雲山打成重傷又喜又憂，喜的是擊傷太平軍重量級人物他肯定受咸豐重賞，憂的是全州城外的劉長清、余萬清在太平軍復仇時會不會及時增援。雖然有憂慮，但曹燮還是堅信劉長清、余萬清會來幫他對付太平軍，他開始春風得意。
全州外圍清軍坐視太平軍攻城
不出所料，馮雲山被打成重傷，太平軍三軍憤怒，本來已經差不多出全州的太平軍將士火速調頭，發誓要血洗全州為馮雲山報仇。太平軍憤怒的浪潮沖向全州城，曹燮等人開始心慌，本以為可以和曹燮一起沾光的瑞麟、武昌顯有點後悔沒阻止炮擊馮雲山。接下來的事態發展遠比想像的糟糕，雖然全州城和桂林城一樣，城牆高壘，易守難攻，但曹燮沒有向榮精明，他犯了一個致命的錯誤，就是沒有清除城外的掩體。太平軍以城外的民房為據點，不斷尋找破城機會。更令曹燮沒有想到的是，城外的劉長清、余萬清駐兵城西的魯班橋和城北的太平鋪，對全州城見死不救。原來，希望劉、余大軍救援只是曹燮的一廂情願。為了挽救全州，挽救自己的命運，曹燮寫血書向劉、余大軍求救。曹燮向他們陳述自己城中彈盡糧絕，水源枯竭，就要只撐不住了。劉長清、余萬清看曹燮把城內描寫得這麼惡劣，當即嚇得不敢進入全州城。全州城都解決不了你曹燮區區一千人馬的飲食問題，我劉某人的一萬人馬進入全州城豈不是要餓死城中？何況還有上萬長毛瘋狂攻城呢！
太平軍從城關完小破城
劉長清、余萬清拒援，曹燮萬念俱灰，他只能自求多福了。太平軍攻城十餘日之後終於在城西找到突破口。太平軍通過掌握的情報，在城西的城關完小的一處民房開始挖地道，作為穴地攻城的入口。同時，太平軍在城關完小布置密集火力，掩護挖掘作業。1852年6月3日，隨著一聲巨響，全州城西面被太平軍炸開缺口，憤怒的太平軍將士沖入城中，大開殺戒。知州曹燮、前州牧瑞麟、千總葉永林、把總張之福均被擊斃，清軍守軍將士無一倖免。曹燮沒等到皇帝的嘉獎便付出了生命的代價，劉長清他們是不是在幸災樂禍呢？
