腸道免疫vs菌群＋食物：過敏還是耐受，這是一個問題

今天是第686期日報。

Nature Reviews：腸道如何對菌群和食物蛋白產生免疫耐受

Nature Reviews Immunology

[IF:39.932]

① 免疫系統中的效應性T細胞可識別菌群，接受Treg細胞的監視，對菌群抗原的識別依賴於樹突細胞（DC）；② 遊走性DC創造耐受環境，DC的遊走和口服耐受性的誘導依賴於CCR7；③ 對於食物蛋白等可溶性抗原，誘導免疫耐受需要表達CD103和表達視黃酸的特定DC群；④ 視黃酸驅動T細胞表達腸道歸巢標誌物，誘導分化為Foxp3+Treg細胞，重新循環至粘膜，通過產生IL-10和/或TGFβ而維持免疫耐受；⑤ 粘膜巨噬細胞通過產生IL-10而協助維持局部Treg細胞的生存。

To respond or not to respond - a personal perspective of intestinal tolerance

Nature：感受張力的離子通道驅動腸道幹細胞分化

Nature

[IF:40.137]

① 機械應力激活離子通道Piezo，調控果蠅成蟲的中腸幹細胞分化；② 鑒定出一種特異表達Piezo的腸內分泌前體細胞，Piezo活性缺失可減少成蟲中腸的腸內分泌細胞生成；③ 所有幹細胞中異位表達Piezo，可驅動細胞增殖和向腸內分泌細胞的分化；④ Piezo通過鈣離子信號行使功能，操控胞漿鈣離子水平可恢復Piezo突變和過表達導致的表型，胞漿內鈣離子增加所致表型類似Piezo過表達；⑤ 鈣離子信號通過不同通路促進幹細胞增殖和分化。

Mechanical regulation of stem-cell differentiation by the stretch-activated Piezo channel

03-01 DOI: 10.1038/nature25744

SCR：人胚幹細胞來源的胰腺內胚層用於糖尿病治療

Stem Cell Reports

[IF:7.338]

① 幹細胞可作為潛在的移植物，替代糖尿病患者體內缺失的功能性β細胞群（FBM）；② 人胚胎幹細胞來源的胰腺內胚層（hES-PE）作為移植物，可產生β細胞並緩解小鼠的高血糖；③ 將hES-PE封裝至特殊裝置內移植入小鼠體內，可實現長達50周的代謝控制；④ hES-PE在小鼠體內可形成足夠的β細胞數量，且內分泌純度超過50%；⑤ FBM在灌流期間的分泌應答、典型分泌囊泡的內容物、核內NKX6.1-PDX1-MAFA的共表達，顯示其與人胰腺β細胞有相似的功能狀態。

Functional Beta Cell Mass from Device-Encapsulated hESC-Derived Pancreatic Endoderm Achieving Metabolic Control

03-01 DOI: 10.1016/j.stemcr.2018.01.040

Immunity：靜息狀態的幹細胞可逃避免疫監視

Immunity

[IF:22.845]

① 活化的T細胞可清除循環上皮幹細胞，包括Lgr5+小腸幹細胞以及卵巢和乳腺幹細胞，而毛囊和肌肉的靜息幹細胞則耐受T細胞的殺傷作用；② 免疫逃逸是靜息幹細胞的自主特性，是由抗原呈遞元件（包括MHC-I和TAP蛋白）的系統性下調導致的，由反式激活因子NLRC5介導；③ 幹細胞靜息、抗原提呈、免疫逃逸之間存在密切關聯；④ 腫瘤起始細胞可來源於幹細胞，因此這項研究或可解釋為什麼最早期的腫瘤細胞可逃逸免疫監視。

Quiescent Tissue Stem Cells Evade Immune Surveillance

02-20 DOI: 10.1016/j.immuni.2018.02.001

Microbiome：去除宿主DNA的新方法改善宏基因組測序

Microbiome

[IF:8.496]

① 開發一種基於滲透裂解及疊氮碘化丙錠處理的新型化學方法（lyPMA），以在唾液菌群樣本中去除宿主DNA；② 評估處理後的樣本在鳥槍法宏基因組測序中得到的人體基因組序列百分比，與另外3個商業化的宿主DNA去除試劑盒做對比；③ 在所有方法中，lyPMA是最有效的去除宿主DNA序列的方法，與未處理樣本相比，處理後的樣本中僅包含8.53%的宿主序列，未處理樣本的百分比為89.29%；④ 另外，lyPMA方法處理後的樣本中，分類學上的偏差最低。

Improving saliva shotgun metagenomics by chemical host DNA depletion

JAMA子刊：孕期用抗癲癇葯，補充葉酸可減少後代自閉症

JAMA Neurology

[IF:10.029]

① 納入超過10萬名孕婦，分析孕期補充葉酸是否影響出生前抗癲癇藥物暴露的後代的自閉症風險；② 在所有335名出生前抗癲癇藥物暴露的後代兒童中，母親孕期未補充葉酸的兒童在18及36個月時，自閉症風險顯著高於母親孕期補充葉酸的兒童；③ 在未患癲癇的母親中，孕期補充葉酸的後代兒童的自閉症風險也顯著降低；④ 在患癲癇但未接受抗癲癇藥物治療的母親中，孕期補充葉酸對後代的自閉症風險無顯著影響；⑤ 建議服用抗癲癇藥物的孕婦在孕期補充葉酸。

Association of Folic Acid Supplementation During Pregnancy With the Risk of Autistic Traits in Children Exposed to Antiepileptic Drugs In Utero

02-01 DOI: 10.1001/jamaneurol.2017.3897

Nature子刊：奶牛瘤胃菌群中的913個細菌/古菌基因組

Nature Communications

[IF:12.124]

① 選取43頭蘇格蘭奶牛，對瘤胃菌群進行宏基因組測序；② 從800G的瘤胃宏基因組測序數據中，利用宏基因組分箱及基於Hi-C的proximity-guided拼接法，拼接出913個細菌及古菌基因組；③ 這些基因組中包含了超過69000個與碳水化合物代謝相關的蛋白，其中90%以上不存在於現有的公共資料庫中；④ 913個基因組可將公共瘤胃資料庫中的數據量擴大5倍，顯著提升了瘤胃菌群基因組的覆蓋範圍。

Assembly of 913 microbial genomes from metagenomic sequencing of the cow rumen

COB：計算代謝組學在代謝研究中的應用（綜述）

Current Opinion in Biotechnology

[IF:9.294]

① 基於質譜法的非目標代謝組學推動了新陳代謝中新代謝物的發現，並進一步推動了代謝物生理功能和生物結構的新發現；② 目前主要運用化學信息學平台的「計算性質量碎片」技術探索代謝物數據和存儲庫中的未知結構；③ 代謝物組被分為已知結構－已知質譜、已知結構－未知質譜、未知結構－已知質譜和未知結構－未知質譜；④ 代謝物分類、建立代謝組學數據和存儲庫及搜索基因組水平的信息等方法可註解難度較大的後三種代謝組，已有相關「流程」。

Advances in computational metabolomics and databases deepen the understanding of metabolisms

01-29 DOI: 10.1016/j.copbio.2018.01.008

感謝本期日報的創作者：花開，沈志勛，瀟洒小姐mp

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