康熙時在台灣本島建立的府縣，是以鄭氏政權建立的府縣為基礎！

台灣設治，始於宋、元，但皆編在澎湖，康熙時在台灣本島建立的府縣，是以鄭氏政權建立的府縣為基礎。順治十八年（1661年），鄭成功從荷蘭人手中收復台灣之後，曾建立過承天一府及天興、萬年二縣。經時又改為東寧府，升二縣為州，設南、北路及澎湖三安撫司後，康熙二十三年四月十四日，康熙帝批准差往福建料理錢糧待會同福建總督、巡撫所上奏疏，改東寧府為台灣府，於南路設風山於北路設諸羅縣，於府治設台灣縣，澎湖歸府直轄，使台灣地方政建置逐漸完備。台灣府縣的文職官員，准福建督撫於本省現任官內選，奏請皇帝批准調補，三年任滿，工作稱職，即予提升。

經「督撫會疏交薦」，康照皇帝批准，台灣第一任知府由原任泉府知府、漢軍鑲白旗人蔣毓英調補擔任。他赴任之後，「見井裡蕭哀鴻未復。躬歷郊原，披荊斬，經界三縣封域。相土定賦，罷不能之役。安撫土番，招集流亡，詢疾若。進父老子弟，教以孝弟之義興文教，捐創立義學，延師課督」，在政治、經濟、文教等方面，均有所建樹。他三年任滿之後，升按察司副使，管台灣府事，實是連任三年。

蔣毓英所建台灣府縣政權組織完全與內地一樣。台灣府衙署建在安坊，大門向南開，改變了原來台灣官舍民居向西開大門的習慣，這把台灣衙署採取和內地一樣制度的象徵。台灣設總兵一員、副將二員，兵八千，分為水陸八營。澎湖設副將一員，兵二千，分為二營。每營各設游擊、守備、千總、把總等官，與內地編製相同。康熙皇帝親自選任正黃旗參領楊文魅為第一任福建台灣總兵官，囑咐他:「務期撫輯有方」，「總在兵民兩便，使海外晏安」；台灣「海舶商販必多」，「不得因以為利，致生事端」

政治上的統一，為台灣的經濟開發提供了必要的外在條件。台灣未統一前，土地佔有情況比較複雜。一部分田地是所謂官田，其中包括「王田（即鄭氏莊田）、「營盤田」（即軍士屯田）、官佃田園等。官田之外別有私田，允許買賣。統一之初，地多人少，康熙採納興化總兵吳英的建議，在駐台士兵中試行屯皮法，「半為鎮守，半為屯田」。電田者每兵給田三十畝，牛一，課耕種，農隙操練」，使「兵有恆產，餉可省半」。此後，福建沿海福、興、漳、泉四府之民大量流入台灣，墾殖土地。康熙末年，蘭鼎無記述；「前此台灣，止府治百餘里，風山、諸羅皆毒惡地，令其邑者，尚不敢至；今則南盡郎嬌，北窮淡水，雞籠以上千五百里，人民趨若鶩矣。

前此大山之麓，人莫敢近，以為野蕃嗜殺；今則群入深山，雜耕蕃地，雖殺不畏。……漸廓漸遠，雖厲禁不能使止也」據統計，康二十三年（1684年），全台耕地面積為一萬八千四百五十三甲，康四十九年（1710年）增至三方零一百零九甲二十餘年，增長百分之五十耕地迅速增加，其原因除了內地農民大批遷入台灣之外，還由於清朝政府採取了類似內地的「更名田」制度，有些官田被改為民，大大激發了農民開墾新耕地的積極性。賦役制度也相應進行改革。把原來就田征谷，計口輸錢」的辦法，改成和內地一樣的一條鞭稅制，把田地分成上、中、下三則，「履畝定稅」，按等徵收。原來對高山族不分男女一律征丁稅一石，統一後則免去婦女丁稅。這就是台灣第一任知府所推行的「相土定賦，罷不急之役」。

伴隨土地的開發，糧食產量逐年增長，「不但本都足食，並可資贈內地。居民只知逐利，肩販舟載，不盡不休」。由於私有土地的增多，推動了甘蔗種植和製糖業的迅速發展。台灣剛統一時，共有榨糖的「蔗車」七十五張；九年之後（康熙三十二年）新增蔗車二十四張。到乾隆初年，糖年產量達六十餘萬簍，合一億七八百萬斤，銷往內地蘇、杭等城市。為適應經濟跟的需要，二十八年（689年）四月，康熙帝特命台灣府開爐鑄幣。當時府一級本無鑄幣權，允其鼓鑄，是考慮到其特殊情況和重要地位

台灣統一於清朝之後，文化教育事業也比鄭氏統治時有進一步發展。蔣毓英於康熙二十三年建成台灣府學，其後又建「社學」三所，在他離任那年又建立一所「書院」，供學者講學。康熙「准福建台灣鄉試另編字型大小，額中一名」。當年取中台灣籍的第一位舉人是康熙二十六年丁卯榜的風山縣學生蘇峨。同年七月，康熙採納福建巡撫張仲舉建議在台灣郡縣設立學校，定「府學量設增各二十名，縣學各十名，俟人才漸盛，仍照直隸各省補充名額。台灣籍的第一名進士是康熙三十三年甲戌榜的台灣舉人陳夢球。第一任台灣知府蔣毓英主持了第一部（台灣府志》的起草工作，至三十三年由福建台廈道高拱乾最後完成

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