究竟是誰傳播了SARS

03年的時候小編還在上六年級，

那一年我家蓋新房子了，

但是村長說不讓安裝窗戶，因為要勤通風。

如今非典已經過去了15個年頭，究竟是誰傳播了SARS？

正 文

2002年11月，WHO流感研究項目經理Klaus Stohr博士在北京參加關於中國流感——疫苗政策方面的會議。一位來自廣東的代表在會議報告提到，在廣東靠近香港的地區有數人死於一種異常嚴重的流感。

2003年2月21日，這一天，一種新的病毒悄悄地從廣東進入香港。病毒的攜帶者是一位63歲的醫生劉某，他到香港是為了參加一個婚禮。而到了3月上旬，香港當局開始認識到，這種新的疾病正是從曾與劉醫生接觸過的幾個人開始傳染給香港、新加坡、越南的數百人，並最終傳播到了美國。

1965年，人類首次確認冠狀病毒可使人出現感冒癥狀，在本次SARS發生前，已發現兩種冠狀病毒，雖然只是引發感冒，除此之外，其他冠狀病毒多數只存活在豬、牛和雞等家畜及其他哺乳動物身上，03年的新型病毒，除了在人體內繁殖，亦令免疫系統出現強烈反應，傷害自身組織。

冠狀病毒為球形RNA病毒，直徑120～230nm。病毒顆粒表面圍有花瓣樣突起。這種病毒，過去只會引發人類感冒，但為什麼會霎時間變得如此兇狠呢？

世界各地科學家給出了不同結果。

加拿大BCCA 基因組研究所基於Tor2 冠狀病毒株基因組結構分析圖

USCDC 基於Urbani 冠狀病毒株基因組結構分析圖

中科院基因組中心基於BJ01 冠狀病毒株基因組結構分析圖

NCBI給出參考序列的基因組結構分析圖

Tree for N protein

12個SARS冠狀病毒分離株和12種以往發現的冠狀病毒種系進化樹

此進化樹從箭頭所指位置被分成兩個不同的部分，左半部僅由12種以往發現冠狀病毒組成，而右半部則僅由12個SARS冠狀病毒分離株構成。

我們用SARS_TOR2分離株作為SARS冠狀病毒代表構建的種系進化樹很準確地區分出冠狀病毒屬的3個組。在這3個組的分枝處的bootstrap值是92％（bootstrap值高於70％表明對應點的概率值高於95％）。

SARS TOR2病毒分離株和12種以往發現的冠狀病毒的種系進化樹

根據各SARS冠狀病毒分離株與造成香港Metropole飯店疫情的SARS冠狀病毒株之間的聯繫，它們可以被分成2類（分別稱之為」局域傳播類」和」全球傳播類」），這兩類在我們構建的世系譜上得到準確的重現，這為SARS的流行病學研究提供了輔助信息。

12個SARS冠狀病毒分離株的種系進化樹

結 論

1.根據我們得到的種系進化樹可知，SARS冠狀病毒與冠狀病毒屬中第1組中的病毒更相似，這得到對應分枝點較高bootstrap值的支持（對應第1組分枝的bootstrap值為97％，cPig_1病毒和SARS_TOR2分離株分枝點對應的bootstrap值為81％）。與血清型有關的一些證據間接地支持了我們的觀點（Ksiazek, T. G., Erdman, D., Goldsmith, C., et al, A novel coronavirus associated with severe acute respiratory syndrome, N Engl J Med, 2003, 348(20): 1953-1966）

2.以往未定位的SARS_TW1分離株在我們構建的世系譜中被歸屬於全球傳播類。

所以是什麼動物把SARS傳給了人？

蝙蝠？果子狸？

家禽？野味？

鼠？豬？牛？

…………

本文由陳潤生老師生物信息學課堂所講內容整理

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