美國種族群體宮頸癌遺傳學改變及PIK3CA基因突變與擴增分析

引言

許多研究表明宮頸癌的結局存在種族差異，並且有幾個因素與之相關，如疾病階段，合併症，治療方式和社會經濟狀況。然而，腫瘤基因組模式如磷脂醯肌醇3-激酶催化亞單位α（PIK3CA）基因突變和擴增與宮頸癌種族差異的關聯在很大程度上尚未被探索。

本研究旨在確定宮頸癌的基因變異（突變和拷貝數變異），並確定在美國的不同種族/民族群體中，PIK3CA基因突變和擴增是否不同。

方法

本研究利用癌症基因組圖譜（TCGA）資料庫。 TCGA資料庫是由國家癌症研究所和國家人類基因組研究所共同創建的公開資料庫。使用雙尾Fisher精確檢驗來檢驗分類變數，種族和PIK3CA基因突變之間的關聯，使用R中的「Fisher檢驗」函數檢驗PIK3CA基因擴增。

結果

共有309例宮頸癌樣本，其中194例有基因突變，295例有拷貝數變異。 TCGA數據集中前五位的突變基因是PIK3CA，MUC4，KMT2C，SYNE1和KMT2D。 TCGA數據集中前5個擴增基因是MECOM，TP63，PRKCI，PIK3CA和TRFC。 PIK3CA基因突變數最多，有53個突變。美洲印第安人，非裔美國人，白人和亞洲人的突變率分別為62.5％，31.3％，25.4％和21.1％。非裔美國人，亞洲人，白人和美洲印第安人的擴增率分別為28.6％，21.1％，18.9％和12.5％。

Table 1: Ten 10 mutated genes in 194 profiledsamples

表1顯示了194份樣品中前10個突變基因。 PIK3CA基因突變數最多，突變數53，突變率23.7％。第十個常突變基因FBXW7突變數是19，突變率9.8％。 53個PIK3CA基因突變都是錯義點突變。

Table 2: Types of mutation in PIK3CAgene

表2顯示了數據集中常見的PIK3CA基因突變。在53個PIK3CA錯義突變中，已知48個突變是致癌的（即突變的PIK3CA蛋白能增強催化作用，導致下游信號的傳導增加和引起致癌性的改變）。因此，具有致癌作用的PIK3CA突變的百分比約為91％。白種人的樣本數最多（211），其次是黑人或非裔美國人（31人），亞洲人（20人），美洲印第安人或阿拉斯加原住民（8人），而夏威夷原住民或其他太平洋島民樣本數最少。

Table 3: PIK3CA genemutation status byrace

表3顯示了PIK3CA基因突變狀態與種族的比較。突變率最高的是美國印第安人或阿拉斯加原住民（62.5％），其次是黑人或非裔美國人（31.3％），白人（25.4％）和亞裔（21.1％）。PIK3CA基因突變狀態Fisher的確切結果為0.0792。

Table 4: Ten 10 CNA genes in 295 profiledsamples

表4顯示了295個樣本中前10個擴增基因。 TCGA數據集中前10個擴增基因為MECOM，TP63，PRKCI，PIK3CA，TRFC，RPL35A，LPP，TBL，FGF12和SOX2。 MECOM基因的擴增數最高，突變數62個，突變率20.3％。第四個常擴增基因PIK3CA，突變數60，突變率20.3％。 60個PIK3CA拷貝數變異沒有PIK3CA基因缺失，都是由於PIK3CA基因擴增引起的。

Table 5: PIK3CA amplification status byrace

表5顯示了PIK3CA基因擴增狀態與種族的比較。 PIK3CA擴增率最高的種族群體是黑人或非裔美國人（28.6％），其次是亞洲人（21.1％），白人（18.9％），美洲印第安人或阿拉斯加原住民（12.5％）。PIK3CA基因擴增狀態Fisher精確的結果為0.234。

研究結果

有許多顯著突變或擴增的基因與宮頸癌有關。其中一些不與已知的與宮頸癌相關的基因分組。例如，KMT2C，SYNE1，KMT2D，EP300，RYR2，FLG，DMD，FBXW，MECOM，TRFC，RPL35A，LPP，TBL，FGF12和SOX2基因。他們可作為改善宮頸癌治療的治療靶點

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