開發出CRISPRdisco軟體，對CRISPR/Cas系統進行鑒別和分類

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在一項新的研究中，美國北卡羅萊納州立大學的Rodolphe Barrangou、Alexandra Crawley和AgBiome公司的James Henriksen開發出一種被稱作CRISPRdisco（CRISPR discovery）的自動化生物信息學工具，該工具旨在提高日益多樣化的CRISPR-Cas基因組編輯系統的實用性和可用性，並幫助科學家們鑒定出基因組中的CRISPR重複序列和cas基因。這種可免費獲得的軟體提供標準化的高通量分析方法來檢測CRISPR重複序列並準確地確定它們的類別、類型和亞型。相關研究結果於2018年4月9日在線發表在CRISPR Journal期刊上，論文標題為「CRISPRdisco: An Automated Pipeline for the Discovery and Analysis of CRISPR-Cas Systems」。Barrangou也是CRISPR Journal期刊的主編。

CRISPR/Cas系統類型分布圖，圖片來自CRISPR Journal, doi:10.1089/crispr.2017.0022。

在這項研究中，這些研究人員利用CRISPRdisco對來自美國國家生物信息技術中心參考序列資料庫（NCBI RefSeq database）的2777個完整基因組進行分析，從中鑒定潛在的CRISPR-Cas系統，並對它們進行分類。他們強調了能夠區分完整的和不完整的CRISPR系統的重要性，確定了潛在完整的和功能性的CRISPR-Cas系統之間在體內的關聯性，並且利用計算機模擬（in silico）確定了CRISPR-Cas多樣性。重要的是，所有人都可通過GitHub網路平台（一個面向開源及私有軟體項目的託管平台）獲得這個軟體，並且該軟體能夠讓新手分析和描述各種基因組數據集中的CRISPR-Cas系統。

CRISPR Journal期刊執行編輯Kevin Davies博士說，「新的生物信息學工具、程序和資料庫正在協助推動CRISPR革命，而且我們很樂意為驗證其中的一些重要平台提供論壇。」

以CRISPR-Cas9為代表的基因編輯技術從發現到應用， 至今已經走過5年多的時間。毋庸置疑，它開闢了生命醫學研究的一個新時代。然而，如何規範基因編輯技術的合理應用，如何促進基因編輯技術的臨床轉化，是值得探討的問題。另外也有許多科研工作者和臨床醫生關心基因治療的臨床進展。為此，生物谷將舉辦2018基因編輯與基因治療國際研討會，邀請國內外一線專家, 臨床醫生深入研討，推動交流與合作。

原始出處：

Crawley Alexandra B. , Henriksen James R. , and Barrangou Rodolphe.CRISPRdisco: An Automated Pipeline for the Discovery and Analysis of CRISPR-Cas Systems. CRISPR Journal, Published Online:9 Apr 2018, doi:10.1089/crispr.2017.0022

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