清代此三個衙門比較特殊，它們不管人事只管軍馬，且深受皇帝器重

滿族人是從馬背上取得的江山，對於馬他們有著深厚的感情。因此，自從入關後就加大了對馬匹的管理，並在中央官制中建立了三個部門用來管理馬政。這些衙門是兵部車駕清吏司、太僕寺和內務府上駟院，通常情況下這些衙門的官員只管馬而不管人。

兵部車駕清吏司

車駕清吏司的建制是：郎中，宗室1人，滿漢各1人共3人；員外郎，宗室1人，滿2人，蒙古1人共4人；主事，滿漢各1人；筆帖式若干人，經承6人。其分設的辦事機構有馬政科、馬檔房、驛傳科、腳力科以及遞送房等部門。

車駕清吏司的主要執掌是：一為「頒天下之馬政，以裕戒備」；二為「凡郵驛皆掌之」，三為「選鑾儀衛司更者」。由此可見，車駕清吏司管理著全國八旗、綠營的戰馬和各地驛站的驛馬，凡是和馬政關係緊密的都在它的管轄範圍之內。

清代在駐防制度上採取的是八旗拱衛京師，其軍馬也被稱為「八旗官馬」；地方上以八旗駐軍和綠營兩個系統掌管軍事，因此它們的軍馬稱為「八旗駐防馬」和「綠營馬」。這些軍馬皆有車駕清吏司釐定數額，倒斃、缺額時或給予補充或實行買補，從一定意義上來說，軍馬就是和武器糧食一樣，都是戰略物資。

太僕寺

太僕寺和車駕司最主要的區別就是，一個是管馬的，一個是牧馬的。也就是說太僕寺的職能主要是管理全國各地的馬場。清代太僕寺的職官設置是：滿漢卿各1人，滿漢少卿5人。乾隆四十四年（1779年）以後，派大臣一人兼管。到了嘉慶十三年（1808年），又停派兼管大臣，以後規定卿，滿漢各1人，少卿滿漢各1人。

太僕寺始設於順治元年（1644年），起初並無衙署，附設於兵部武庫司，主要掌管直隸、山東、河南、江南徵收馬匹的考核、奏銷等事宜。當年十二月裁撤，其所管事務被劃入戶、兵兩部。

順治二年（1645年）又復設太僕寺，執掌如前。康熙時期太僕寺的職能有發生了一些細微的變化，直到雍正三年（1725年）太僕寺才從兵部武庫司獨立出來，並另行建造衙署辦公。嘉慶六年（1801年），太僕寺所管轄的巡行扈從、牽駝馱載等事劃歸護軍統領衙門管理，自此後，太僕寺專管口外左右兩翼牧場。

上駟院

上駟院是內務府的下屬機構，它的職責是管理皇家馬匹、車輛，儘管上駟院是為皇室服務的，但它的執掌在很多方面都關係到國家政務的實施。

上駟院的具體業務：一是管轄京城內外18處馬廄。內馬廄設於皇城，凡御馬及副馬、仗馬各一廄；川馬一廄；公馬五廄；駕車馬騾二廄。外廄設於南苑，御馬及內馬共六廄；又安河公馬一廄。各廄設有廄長、廄副、廄丁、草夫等役負責馬廄事宜。二是上駟院掌管口外三牧場即大凌河、商都達布遜諾爾和達里岡愛。

馬政管理除了上面三個中央機構外，在地方上也有馬政機構。明代時西北一直是朝廷的牧場，那裡出產了大量的軍馬而且品質上乘。清代初年，西北地區並沒有設立牧場，直到乾隆年間西北用兵這才深感內地發馬匹之不便，這才在西北大興馬場，而與之相應的馬匹管理機構也應運而生了。

西北的馬政組織管理機構主要分為兩個系統，即八旗和綠營兩個系列。其中綠營系統所屬的馬廠主要是由各提鎮管理，受陝甘總督的節制，因此陝甘總督的全名上就有了「管理茶馬兼巡撫事」的字樣。而且自總督以下的提督、總兵，在其職銜中都有「總理馬政」的字樣，以明專責。八旗系統以伊犁將軍衙門為最高馬政機構，其中設有「駝馬處」專門負責軍馬的管理。

地方上，除了西北其他地方也就沒有所謂的 馬政了，道理很簡單，內地各省因為地理條件的限制，並不出產馬匹，就算有產出其數量也很少，所以就不設馬政管理機構了。

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