僅有基因名字，如何優雅的展示在基因組上

【本文章在bio-bio-bio.com同步發表】

今天要說的是如何把

幾個基因

幾十個基因

上百個基因的名字

按染色體位置展示在基因組上

就是做出如下的圖

這是我去年發表的

一篇clin cancer res雜誌文章里的

（咦，我有這圖的版權嗎？不管了）

這圖說的是

幾十個在實驗組和對照組有甲基化差異的基因

具體的染色體位置分布的展示

就是一張傳說中的circos圖

還是比較炫酷的

放在文章里或者寫在基金里

都可能小小的增光添彩

Emm…

很多人聽到這個圖就望而卻步

確實circos軟體有點複雜

參數眾多要人老命

沒接觸過perl編程的更是無所適從

那麼

如何用在線的方式做出這種圖呢

下面介紹一個在線的circos軟體

clicO

http://codoncloud.com:3000/get-started

進入後…

選取 blank template 再次進入

此處建議點註冊

可以把每次運行的結果以及配置

都保存在賬戶下

註冊後進入My Projects

然後點擊New Project

例如按圖裡的設置填好後

點擊creat project

然後在My project里找到剛剛建立的那個

點擊open

就開始一步一步的畫圖了

第一步

要上傳核型文件

也就是有多少染色體，染色體大小等

最常用的就是人和小鼠的

這網站也提供了下載如圖

可以下載後再從本地傳上去

然後再填上description以及顏色基調

點upload

選中此核型文件後，點擊小箭頭繼續往下

此處選擇顏色主題，建議選擇UCSC的，好看

後面的設置基本可以默認了

連續點擊七八次的右箭頭

(這些配置都是一勞永逸的，可保存賬戶下)

下面來到了核心部分

數據上傳

此處file type 選Text，因為本次目的是

把基因名字以文本形式標註

Emm…

數據上傳的格式也有模版

如上圖下載後

用excel打開text.txt文件

從左到右依次是染色體號，起始位置

結束位置以及名稱

此處就可以用實際數據替換掉這個demo數據了

起始位置和結束位置都填寫

基因TSS位置

(如何批量的獲取基因TSS位置

這裡不展開說了，我習慣使用UCSC tables）

名稱一列則填寫基因名稱

比如下圖

把實際數據上傳後

選擇數據，開始畫圖

可以按如下圖的配置

配置後點擊Save

隨後點擊Preview預覽一下

右邊的小框里就有圖啦

覺得符合心意了

點擊最上面Output

生成高清無碼大圖

就可以下載下來

用到各種地方了…

（組會PPT展示效果尤其好）

Emm…

上述標註基因位置的功能

只是circos軟體的冰山一角

想簡單試試此軟體

不想學習perl版本circos的

可以盡情的在此網站先鼓搗一番

……

----------完結----------

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