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量身定做適合你的影響因子PubMed濾器

許多臨床和科研工作者在查閱文獻時,都傾向於選擇一些質量高的文章,引用文章時也想盡量引用高影響因子(IF,impact factor)的文章。這樣寫出來的文章更有說服力嘛!

無奈PubMed這個公共免費的文獻檢索系統並不是影響因子的老東家,由於版權問題,PubMed並不能自動顯示影響因子。這樣一來,很多朋友都會覺得PubMed的檢索結果篩選起來太吃力了。在對眾多雜誌不甚了解的情況下,我們很難做出選擇。

值得慶幸的是,PubMed的開發者一開始就為我們預留了一個利器PubMed Filter,因此下面就詳細演示一下,如何量身定製適合您的影響因子PubMed Filter。

先前網上也已經有相似主題的帖子發布,故謹在此聲明,下述內容為本人摸索的出來的量身定製影響因子PubMed Filter的步驟。整個過程將會在圖文並茂詳細展示,以便您模仿並為自己量身定做適合自己專業和需求的PubMed Filter。

下面演示一下具體步驟,以便讓大家知曉方法和相關原理,從而根據自己的專業及愛好為自己量身定做PubMed Filter,有興趣的讀者可以按照下述步驟操作一遍。

01

註冊PubMed賬號

因為使用PubMed這個IF濾器篩選文章屬於個人偏好設置,所以註冊一個PubMed的個人賬號是必須的!在此強烈建議大家註冊一個Gmail郵箱,有了這個谷歌郵箱,不止是PubMed,國外很多學術網站或者論壇都是暢行無阻的,註冊賬號或者關聯賬號(link)都很方便。

(1)首先登陸PubMed。點擊如下的Sign in to NCBI (圖1)。

圖1 PubMed首頁,紅色方框標出點擊「Sign in to NCBI」可以進入賬號註冊或者登陸界面

(2)進入賬號註冊或者登錄界面後,根絕個人情況選擇註冊賬號(沒有谷歌郵箱或者不打算使用谷歌郵箱的請點擊Register for an NCBI account),關聯谷歌賬號或者直接登陸(圖2)。

圖2 紅色方框標出點擊Google關聯谷歌賬號,或者點擊Register for an NCBI accoun

(3)使用其他郵箱註冊賬號的界面,需要填寫用戶名,密碼,郵箱等信息(圖3)。

圖3 示使用其他郵箱註冊賬號的界面

(4)有谷歌賬號或者郵箱的在此界面直接點擊Google鏈接相應的谷歌(圖4)。

圖4 紅色方框標出點擊Google關聯谷歌賬號

圖5 示授權跳轉頁面

(6)谷歌郵箱賬號授權頁面,請單擊「允許」(圖6)。

圖6 示谷歌郵箱賬號授權頁面

(7)谷歌郵箱授權後跳轉回PubMed界面(圖7)。

圖7 示谷歌郵箱授權後跳轉頁面

(8)跳轉回PubMed界面後再次確認以谷歌郵箱賬號登陸,單擊「Continue」繼續(圖8)。

圖8 紅色方框標出點擊Continue繼續

(9)谷歌郵箱授權登陸成功提示(圖9)。

圖9 示登陸成功

(10)重新回到PubMed主頁,右上角提示個人賬號登陸(圖10)。

圖10 PubMed主頁右上角示個人賬號登陸

02

製作影響因子濾器

(1)登陸個人賬號之後,單擊My NCBI即可進入個人偏好設置(圖11)。

圖11 紅色方框標出單擊My NCBI進入設置界面

(2)進入My NCBI設置界面後,在此界面我們重點關注Filters的設置(圖12)。

圖12 紅色方框標出Filters的設置區域

(3)在Filters的設置區域單擊Manage Filters ?即可進入個人Filter設置或者編輯界面。單擊Create custom flter (圖13)。

圖13 紅色方框標出單擊Create custom filter以進行下一步

(4)單擊Create custom flter後彈出如下的對話框Add Custom Filter in PubMed (圖14)。

Add Custom Filter in PubMed

圖14 紅色方框標出單擊Create custom filter以進行下一步

(5)下一步就是在Add Custom Filter in PubMed編輯框裡面編輯或者添加我們所需要的篩選過濾條件了,即所謂的Query terms.這個Query terms可以大家自己編輯,也可以用網上每年熱心戰友提供的(圖15)。

圖15 示Add Custom Filter in PubMed 編輯框

03

製作影響因子濾器

下面就演示一下怎樣自己編輯Query terms以用於製作影響因子濾器。影響因子所需要編輯的檢索式是根據每年湯森路透(Thomson Reuters)新發布出來的IF來做的,在這裡我們只能用最新版JCR2015_IF來做了。

訂購Journal Citation Reports的單位或者讀者,可以下載最新版的JCR。如果沒有訂購,可以從相關訂購單位或者網上下載熱心網友共享的版本。基本上每個版本都是按照影響因子的大小從高往低排列。

每年由湯森路透資料庫商統計公布的SCI(Science Citation Index, 簡稱SCI)雜誌影響因子統計表 , 影響因子由高到低排列(圖16)。

圖16 示部分SCI雜誌影響因子統計結果

在此我們需要利用EXCEL的篩查功能,根據我們自己所在專業及個人需求來制定。對於很多專業,雜誌影響因子從一分到十幾分參差不齊,這樣呢我們就可以做很多個不同層次的影響因子濾器。比如210之類的很多層次。

因此,在使用excel製作的時候,我們可以從EXCEL內任意選出一段自己需要的影響因子,並按照如下的步驟製作成濾器。如果打算製作一套完整的影響因子濾器,我們最好按照從低到高或者從高到低的順序依次進行。

下面的演示步驟就將影響因子濾器的製作從低到高依次進行。

(1)Excel文件中我們只需要複製雜誌名和相應的IF,其他的項目不必複製或者可以事先刪除。結果是從11993個Web of Science收錄的SCI雜誌中刪除了8154個,可見67.99%的SCI期刊影響因子都是小於2的。之後我們直接選中雜誌名(圖17)。

圖17 示選中所需影響因子段的相關雜誌名

(2)複製粘貼到Office或者WPS的Word文檔,為什麼這樣做呢?因為這個牽涉到後面的複製和替換!因此一定要注意粘貼為純文本!隨後利用Word的替換功能把回車符號(^p在特殊符號里尋找或者選擇任意特殊符號後修改)替換為」[journal] or 」。單擊全部替換(圖18)。

圖18 示利用Word的替換功能把回車符號替換為」[journal] or 」;最下方紅色方框示單擊「全部替換」。

(3)單擊「全部替換」後替換成功界面(圖19)。

圖19 示單擊「全部替換」後替換後成功界面

(4)刪除文末的多餘的 or 」(圖20)。

圖20 紅色方框示文末的多餘的or」

(5)並在文首加一英文半引號(圖21)。

圖21 紅色方框示需要一英文半引號的位置

(6)將所得到的內容複製到上述PubMed的[Query terms],並取名 2≤IF

圖22 紅色方框依次示複製到上述雜誌名至PubMed的「Query terms」位 置,同時命名Filter名字,單擊「Save Filter」保存檢索式。

(7)示單擊「 Save Filter 」後保存檢索式的過程(圖23)。

圖23 示saving filter

(8)保存成功後Your PubMed flter list內顯示保存成功的flter(圖24)。

圖24 xxxxx

(9)隨後便可以到PubMed首頁驗證是否有效。檢索「 cancer 」結果(圖25)。

圖25 示使用2≤IF<3的影響因子濾器過濾後的檢索結果

(10)之前曾把自己製作的一套影響因子濾器上傳至丁香園醫學論壇循證醫學板塊,諸多戰友反應5≤IF

圖26 示5二十六<10的濾器可以有效過濾出影響因子在5~10之間的雜誌

(11)當然,並不是所有的都可以一帆風順,總有些時候,比如網路原因或者電腦原因,單擊「 Save Filter 」後保存檢索式後提示「 Sorry, an error has occured! Please try again. 」本人曾經也出現過如圖所示的情況,有對話框提示檢索式保存失敗,但是刷新後發現保存成功了!

出現這個問題可能是因為檢索式過長,尤其是影響因子較低的區間雜誌比較多,容易遇到這種情況;在網速慢的時候也容易出現這個報錯。可以多試幾次保存,或者選擇網速較好的網路環境進行自定義濾器的設置(圖27)。

圖27 示保存時可能出現的報錯

(12)提示保存失敗時刷新出現的界面(圖28)。

圖28 示網頁提示保存失敗時,刷新後可能出現的保存成功的界面

(13)保存成功的Filter需要在其前方的方框內打鉤方能激活使用(圖29)。

圖29 紅色方框示需要在方框內打鉤方能激活

(14)如圖所示,這就是最初憑個人愛好做出來的一套完整的PubMed Filter,在這個界面,可以選擇性激活一部分Filter,也可以進行設置或者刪除操作。(圖30)

圖30 示PubMed Filter list,可以在此界面對Filter進行操作

(15)本人起初製作的是如上圖所示的濾器。到後來在眾多熱心戰友的建議下換成了如下圖所示的濾器(圖31)。

圖31 示新的Filter模式

(16)PubMed Filter的優勢在於,當PubMed的黃金搭檔the Paper Link for PubMed還在從相關網站抓取數據時,PubMed Filter早已經是篩選出來了你想要的相關區段的雜誌(圖32)。

圖32 示PubMed Filter 較 the Paper Link for PubMed存在速度方面的優勢

(17)每年影響因子更新時,本人都會抽時間編輯濾器,基本上可以滿足各個專業、各種水平的戰友的要求所需的檢索式!並且免叮噹下載!網址見丁香園醫學論壇循證醫學板塊:http://ebm.dxy.cn/bbs/topic/30074469 。

04

還存在的問題

上述根據Web of Science資料庫發布的影響因子製作的PubMed Filter並不是十全十美的,依舊存在問題。問題的根源在於PubMed和Web of Science是兩家不同的資料庫,收錄的雜誌並不完全相同,並且PubMed給出的是雜誌名的縮寫形式,Web of Science則給出的是雜誌的全稱。

因此根據Web of Science發布的影響因子製作的Filter裡面的少數雜誌名並不被PubMed所識別。因此理論上Filter過濾出來的結果比理論上少一些。

這個問題在相關帖子發布到丁香園循證醫學板塊之後,很快就被各路高手識別出來。同時,也要感謝一大批諸如hyjforesight,弦之外的戰友提出了如下新的方法,並且製作了相應的Filter。

ISSN(國際標準連續出版物編號,International Standard Serial Number)是根據國際標準ISO3297制定的連續出版物國際標準編碼,其目的是使世界上每一種不同,題名、不同版本的連續出版物都有一個國際性的唯一代碼標識。

ISSN由設在法國巴黎的國際ISDS中心管理。該編號是以ISSN為前綴,由8位數字組成。8位數字分為前後兩段各4位,中間用連接號相連,格式如下: ISSN XXXX-XXXX ,如:Science(print ISSN 0036-8075;online ISSN 1095-9203) ,前7位數字為順序號,最後一位是校驗位。

ISSN通常都印在期刊的封面或版權頁上。所以我們理所當然地可以用」 [ISSN] or 」代替」 [journal] or 」來避免漏查。比如hyjforesight 戰友一針見血的指出上述方法是對的,但是給的檢索式存在極大的問題。

主要是因為PubMed對[Journal]的檢索採用的是 "期刊縮寫 "的方式,比如用"Journal of clinical oncology"[Journal]檢索結果為0,必須用"J Clin Oncol"[Journal]才能搜到本雜誌的文章。所以,根據[Journal]的檢索式製作的Filter搜出來的文獻不全!並附上了自己製作的Filter http://ebm.dxy.cn/bbs/thread/31851177。

根據測試,在PubMed上用ISSN過濾篩選的方法比直接用雜誌名篩選的結果數量更多,相對來說更為準確,因此,後期製作的PubMed Filter將會提供雜誌名和ISSN兩個版本的濾器。

同時,感謝丁香園循證版廣大熱心戰友善於發現的眼睛以及孜孜不倦追求完美的精神。

新版的JCR可以通過自定義顯示欄位,直接下載帶有刊名和ISSN號的影響因子表。可以直接利用ISSN號制定自定義濾器,這樣可以避免PubMed與SCI的刊名不統一造成的漏檢(圖33)。

圖33 示JCR可以通過自定義顯示欄位下載影響因子列表,用於製作 PubMed Filter

由於PubMed與SCI期刊收錄範圍的不同,導致了使用這種自定義方法時,直接就NOT掉了不是SCI收錄的文獻,這樣也會導致檢索結果過少,需要讀者酌情使用。


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