前言

實驗室最近有一批數據在發表文章之前需要上傳到GEO Gene Expression Omnibus。

所以記錄下上傳數據的流程給大家借鑒。

準備

創建NCBI賬號登記GEO信息

在submitter這個網址的第二個CONTACT選項登記你的信息。登記結束後點擊SAVE即可。PREVIEW可以查看你的錄入信息。

因為我已經登記成功了，顯示的是我的信息，所以這裡就不截圖了。

別點擊NEW SUBMISSION了，不然就要重新錄入一遍，別問我是怎麼知道的

隨後進入GEO頁面，選擇Submit to GEO。

因為上傳的是二代測序數據，所以選擇High-throughput sequence submissions

GEO數據上傳需要三類文件，很簡單的閱讀理解，不翻譯了。

GEOarchive has three required components:

a metadata spreadsheet;

processed data files,

raw data files.

Details about each component are described below.

通過三步悠然的上傳數據

第一步，準備raw data

即測序文件，二代測序就是指的fastq或者fastq.gz文件，同時還有md5文件（Linux下md5sum file即可獲得）

第二步，準備processed data

即分析結果文件，ChIP-seq就是wig/bw文件，RNA-seq就是counts matrix或者FPKM文件等， 換而言之指的是需要方便別人查看你結果的文件。

第三步，填寫metadata spreadsheet

下載第一個紅標區域的metadata spreadsheet template

如圖所示為ChIP-seq數據提交模板，加粗藍色欄為必填，未加粗的藍色欄為選填欄目，滑鼠懸停在右上角紅色三角出會有當前欄目的填寫說明。

注意事項：雙端測序在表格最後一欄需要再填寫一遍，同時需要提供average insert size 和 standard error

這裡提供一個perl腳本，使用方法如下：

另外一種解決方法：

數據上傳

準備好需要的三類文件以後，我們就著手上傳我們的數據了。

首先GEO的數據上傳是通過FTP完成的，WINDOWS用戶可以通過FileZilla之類的FTP客戶端完成上傳。

用戶名和密碼在網站上公布出來了。請自行在目錄下建立一個自己的文件夾（不要多建，該FTP只允許上傳數據和新建，不允許修改文件和下載文件）。

密碼會半年修改一次，請自行核實當前密碼。

用法如下，請更換password，自行選擇上傳數據文件夾和本地文件夾。

寫信給GEO

收尾工作

就是等待GEO人員處理完數據給你回信啦，會給你一個鏈接查看你的數據，就和日常在GEO上查找的數據一樣。教程OVER。

注意

別忘了給GEO officer回一封感謝信。

參考文獻

http://timoast.github.io/2014/11/04/SizeEstimation/

http://blog.genesino.com/

更多徐春暉的好文

日常Bob鎮樓

喜歡這篇文章嗎？立刻分享出去讓更多人知道吧！