分析SIV宿主猴基因圖譜，學習如何與HIV共處而不發病的機理

科學家發現猴免疫缺陷病毒SIV可能是人類感染艾滋病的最初源頭，因為SIV可以在人類和黑猩猩質檢跨物種進行傳播。這種病毒被認為是人類捕獵黑猩猩時被咬傷或傷口感染黑猩猩的血液所致，通過對非洲長尾黑顎猴（也稱非洲綠猴）身上SIV的雜交進化史研究發現，人們需要向獼猴學習如何與這種病毒共存而不發病的分子機理。

來自莫斯科物理技術學院基因組工程實驗室的Vasily Ramensky和其他國家的同事們創立的一個覆蓋了60種不同年齡和四個腦區不太組織的非洲長尾黑顎猴樣本的基因表達圖譜。這些數據與不同功能蛋白合成相關。

研究利用了來自非洲和加勒比海的163隻非洲長尾黑顎猴的全基因組測序數據。發現非洲長尾黑顎猴各種群之間存在這高度的網狀模式多樣性。遺傳數據顯示這些猴子第一次與SIV相遇大約在100萬年前，當然原生宿主猴群，隨著時間的推移分化成不同的種群，每一種都獲得了與SIV共存的遺傳適應性。它們是HIV近親SIV的自然宿主，雖然它們經常遭受SIV感染，但SIV對它們並沒有害處，猴子們已經進化出與病毒共存和避免自身免疫系統退化的能力。人類也許可以從這種宿主-病原體相互作用的生物學機制中學習如何與HIV共處。

《Nature Genetics》雜誌報道分析了非洲長尾黑顎猴基因與SIV的互動進程。強烈頻繁的多基因選擇信號影響病毒進化。

研究人員發現，選擇得分在那些人類同源的HIV互動基因和對SIV感染有反應的基因中都顯示明顯升高，但是獼猴的SIV感染相關基因在該項目的得分並不升高，提示部分病毒-宿主選擇信號可反應特定種群對SIV的適應性。

研究人員生成了非人靈長類動物模型轉錄組資源和首個eQTLs（表達數量性狀位點）目錄。比較人類數據資料與性別和年齡相關的表達模式，研究發現了一個可能參與免疫功能的主調節位點和一個調節海馬長非編碼RNAs（lncRNAs）的位點（其表達與海馬體積有關）。這些數量性狀遺傳研究數據將有助於包括神經精神障礙相關的腦和行為表型研究。

多虧了全基因組測序，我們創建了包含7種不同組織在6種不同發育階段的基因表達地圖。我們積累了許多與人類具有親緣關係的其他物種的遺傳數據，雖然我們仍然不了解其中很多基因所扮演的角色，但是對遺傳統計學家來說，它將是我們理解基因在動物體內功能的一個有力工具。」

雖然還未找到確鑿從動物向人類傳播的宿主，但是聯想近年來的埃博拉和寨卡病毒，我們仍可推測，跟著人類生存疆域和食譜的不斷擴張，這些本來與動物風平浪靜生計了上百年的病毒都將逐個復甦。

原文出處

Ancient hybridization and strong adaptation to viruses across African vervet monkey populations

Genetic variation and gene expression across multiple tissues and developmental stages in a nonhuman primate

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