轉錄組項目文章四連發

小師妹：小諾，現在轉錄組的文章越來越難發了

小諾：小師妹，此言差矣～轉錄組作為最基礎的測序研究，它的作用還是很多的。轉錄組測序不僅能作為一個獨立的研究，也可以結合蛋白組、代謝組和表觀遺傳學等進行多組學分析呢！

小師妹：哦哦，那你具體和我講講思路唄

小諾：哈哈，那你可是問對人啦！最近我們公司的轉錄組研究剛剛連發了4篇文章，累計影響因子42.52，其中有3篇文章IF>10，是不是很厲害！

小師妹：厲害了，我的哥

小諾：那我們就來看看別人家的文章是怎麼設計的，快搬好板凳來圍觀~~~

The RNA binding protein SORBS2 suppresses metastatic colonization of ovarian cancer by stabilizing tumor-suppressive immunomodulatory transcripts

合作單位：四川大學華西第二醫院

測序相關產品：轉錄組測序

期刊: Genome Biology 時間：2018.3.16 IF：11.908

研究背景

卵巢癌是目前致死率最高的女性生殖系統腫瘤。由於介導該疾病發生髮展的分子機制還未被清楚闡釋，針對該疾病的治療和診斷效果一直不理想。RNA結合蛋白 (RNA binding proteins，RBPs) 是一類能夠結合不同類型、不同部位RNA的蛋白，它們能夠進而調控RNA的穩定性、表達和翻譯等生物學過程。目前，基於RBP (RNA binding protein，RNA結合蛋白) 的mRNA 轉錄後調控是否與卵巢癌以及免疫功能相關仍不確定。

研究內容

本研究通過現有資料庫 (cBioPortal TCGA，AOCS等) 篩選出SORBS2 (Sorbin and SH3 domain containing 2) 作為卵巢癌轉移抑制的關鍵分子並且發現SORBS2的表達量與卵巢癌病人的預後相關。最終利用RIP測序以及全轉錄組測序分析了SORBS2結合併穩定的部分轉錄本，其中WFDC1和IL-17D作為SORBS2結合的重要靶點可以抑制卵巢癌細胞的轉移灶的定殖。

技術路線

結 論

文章揭示了RNA結合蛋白SORBS2在卵巢癌腫瘤細胞轉移過程中的重要生物學作用，利用RNA-seq以及RIP-seq技術鎖定了SORBS2靶基因，為連接癌症發展和免疫調節的轉錄後調控網路提供了研究新思路。

A Critical Role of Presynaptic Cadherin/Catenin/ p140Cap Complexes in Stabilizing Spines and Functional Synapses in the Neocortex

合作單位：中科院神經所

測序相關產品：轉錄組測序

期刊：Neuron時間：2017.06.21IF：14.024

研究背景

近年來，在體外和體內的研究表明功能性突觸連接的形成和穩定是神經迴路形成的基礎。目前，已經鑒定出許多重要的與突觸發生和樹突形成相關的調控因子，包括轉錄因子，細胞粘附分子和分泌蛋白等。由於突觸形成過程的複雜性，對於突觸前 (pre-synaptic) 伴侶和突觸後 (post-synaptic) 伴侶在突觸形成過程中的作用是否等效還有待進一步研究。

研究內容

本研究中作者通過一系列的功能實驗和轉錄組測序分析，在小鼠大腦皮層突觸形成過程中，對突觸前和突觸後位點對稱表達的 cadherin/catenin 細胞粘附複合物發揮的不對稱功能進行了研究。研究結果表明突觸前位點的 β-catenin 蛋白在這一過程中發揮了更為關鍵的主導性作用，並通過 N-cadherin 的跨突觸功能以順向信號通路的方式介導了突觸後錐體神經元樹突棘的穩定性。最終揭示了cadherin/catenin 複合物在神經環路形成中的非對稱功能。

技術路線

結 論

文章揭示了突觸與樹突棘的形成與成熟對神經環路中功能性連接的正確形成具有至關重要，其中 cadherin/catenin 複合物對興奮性突觸與樹突棘的穩定又是十分重要的。最終揭示了 cadherin/catenin 複合物在神經環路形成中的非對稱功能。本研究對於存在突觸連接異常的神經發育性疾病的發病機理有重要的借鑒作用。

Impaired CD27+IgD+B Cells With Altered Gene Signature in Rheumatoid Arthritis

合作單位：北京大學人民醫院

測序相關產品：單細胞轉錄組測序

期刊：Frontiers in Immunology

時間：2018.03.23 IF：6.429

研究背景

類風濕性關節炎 (RA) 是一種慢性系統性炎症疾病，對於發病的作用機制尚未完全闡明。RA疾病最關鍵特徵是針對翻譯後修飾過程中自身抗原會產生抗體。目前研究表明，IgM作為特殊類型的天然抗體，其本身特性可能會抑制RA的進程。

研究內容

本研究中，作者利用細胞流式分析、BCR分析以及單細胞轉錄組測序等手段結合臨床數據對RA中的CD27+IgD+B細胞進行了系統性研究，證明了CD27+IgD+B細胞在RA患者中受到了損傷並伴有功能失調，並參與了加劇疾病進程。本研究結果表明，通過調節CD27+IgD+B細胞的狀態可能為RA提供新的治療策略。

技術路線

結 論

文章揭示了在RA患者中通過對CD27+IgD+B細胞的BCR區域和特異性基因表達的調節來影響CD27+IgD+B細胞產生的數量和功能，最終導致了CD27+IgD+B細胞在RA患者中受到了損傷並伴有功能失調。

Pold3 is required for genomic stability and telomere integrity in embryonic stem cells and meiosis

合作單位：南開大學

測序相關產品：單細胞轉錄組測序

期刊：Nucleic Acids Research 時間：2018.2.13 IF：10.16

研究背景

有效的DNA修復，基因組的穩定性和端粒維持對於胚胎幹細胞 (ESCs) 的無限自我更新和臨床治療具有至關重要的作用。在體外培養ESCs快速增殖過程中，發現ESCs可發生DNA損傷，如DNA雙鏈斷裂(DSBs)。進一步研究胎幹細胞是如何激活DNA損傷反應和修復以及維持基因組穩定性將是幹細胞治療中ESCs的潛在用途的關鍵。

研究內容

本文研究表明胚胎幹細胞 (ESC) 和減數分裂具有與DNA雙鏈斷裂 (DSB) 修復相關的相對較高頻率的同源重組的特徵。我們發現在小鼠胚胎幹細胞和精母細胞中，Pold3在DSB修復、端粒維持和基因組穩定性中發揮重要作用。通過嘗試使用CRISPR/ Cas9或轉錄激活因子樣效應物核酸酶構建Pold3缺陷型小鼠，發現Pold3 (Pold3-/-) 完全缺失會導致E6.5的早期胚胎致死。在Pold3-null (Pold3-/-)囊胚和Pold3可誘導敲除(iKO)胚胎幹細胞的生長過程中出現了快速DNA損傷應答及大量凋亡。雖然Pold3-/-胚胎幹細胞無法獲得，但Pold3 iKO可使得DNA損傷應答增加、端粒丟失以及伴隨著S期延長的染色體斷裂。同時，Pold3的缺失導致複製壓力，微核及非整倍體的發生。

此外，在Pold3+/-或Pold3敲除的ESC中DNA修復受損，進一步發現，Pold3通過調控53BP1，RIF1，ATR和ATM途徑介導DNA複製和修復。隨著年齡的增加，Pold3單倍體缺失(Pold3+/-) 小鼠的精母細胞出現受損的DSB修復、端粒縮短丟失以及染色體斷裂，如Pold3 iKO ESC。綜合數據表明Pold3通過抑制複製壓力來維持ESC和減數分裂過程中端粒的完整性和基因組的穩定性。

技術路線

結 論

本研究利用多種分子生物學實驗以及單細胞轉錄組測序手段在小鼠胚胎幹細胞和精母細胞中揭示了Pold3對於DSB修復和端粒維持至關重要，確保了ESC和減數分裂中的基因組穩定性。

四篇文章中研究人員全部將轉錄組測序與其他實驗技術相結合 (比如RIP-seq、蛋白質質譜分析、BCR分析等)，利用轉錄組數據對實驗進行多方驗證，最終找到了關鍵效應分子，其思路縝密，可見一斑！也許研究方向各有所異，但是憑藉專業的研究方案和多組學關聯的研究思路，沒準兒下一個發表高分文章的就是你！

參考文獻：

[1] Zhao L, Wang W, Huang S,et al. The RNA binding protein SORBS2 suppresses metastatic colonization of ovarian cancer by stabilizing tumor-suppressive immunomodulatory transcripts[J].Genome Biology, 2018, 19(1):35.

[2] Li MY, Miao WY, Wu QZ,et al. A Critical Role of Presynaptic Cadherin/Catenin/p140Cap Complexes in Stabilizing Spines and Functional Synapses in the Neocortex[J].Neuron, 2017, 94(6):1155.

[3] Hu F, Zhang W, Shi L,et al. Impaired CD27+IgD+ B Cells With Altered Gene Signature in Rheumatoid Arthritis[J].Frontiers in Immunology, 2018, 9:626.

[4] Zhou Z, Wang L, Ge F,et al. Pold3 is required for genomic stability and telomere integrity in embryonic stem cells and meiosis.[J].Nucleic Acids Research, 2018.

轉錄業務線 陶詩雨丨文案

王婷婷丨編輯

配圖來源於網路，侵刪

為你讀文獻

為你分享資源

為你分析研究思路

為你提供最前沿的科研動態

學霸，逗逼，科學家，文藝青年同在！

諾禾致源丨提供領先的基因組學解決方案

喜歡這篇文章嗎？立刻分享出去讓更多人知道吧！