DNA甲基化:「甲基化組」反應了細胞譜系分化的特點
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06-08
看點:DNA甲基化分化特點與細胞分化之間的聯繫
關鍵詞(分子機制):
Gene Expression Pattern:基因表達譜
Hierarchical clustering: 分層聚類
neuron-:神經細胞相關
astrocyte-:星形膠質細胞相關
oligodendrocyte-:少突膠質細胞相關
NS/PCs:神經幹細胞/前體細胞
Z-Score:正態分布中代表的概率值 相當於標準單位量綱
結論:在神經細胞發育分化的過程中,其分子標記不是基因表達差異而是DNA甲基化組的特徵。
A:神經細胞6種細胞基因表達熱圖分析與聚類。
注意:綠色表示高表達,紅色表示低表達。表達差異3倍稱為顯著富集基因。
綠色分類和差異可以明顯表明6種神經細胞表達的差異分類的情況。
B: 6種細胞富集基因的 TSS(轉錄起始位點)上下游5kb區域內DNA甲基化情況,以100bpDNA長度為窗口計算甲基化情況。
C:CGI:CpG島。shore區域:CpG上下游2kb內的區域。shelves區域:CpG上下游2kb以外的區域。
在細胞特異性基因的核心CpG島甲基化程度明顯低於CpG其他區域。DNA甲基化主要對基因進行抑制,這結果符合特異基因核心調控區未被DNA甲基化現象抑制。
材料來源:Cell Reports 2017
DNA Methylome Analysis Identifies Transcription Factor-Based Epigenomic Signatures of Multilineage Competence in Neural Stem/Progenitor Cells
Fig2 DNA Methylome, but Not Gene Expression, Reflects Cell Lineage Specification
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