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DNA甲基化:「甲基化組」反應了細胞譜系分化的特點

看點:DNA甲基化分化特點與細胞分化之間的聯繫

關鍵詞(分子機制):

Gene Expression Pattern:基因表達譜

Hierarchical clustering: 分層聚類

neuron-:神經細胞相關

astrocyte-:星形膠質細胞相關

oligodendrocyte-:少突膠質細胞相關

NS/PCs:神經幹細胞/前體細胞

Z-Score正態分布中代表的概率值 相當於標準單位量綱

結論:在神經細胞發育分化的過程中,其分子標記不是基因表達差異而是DNA甲基化組的特徵。

A:神經細胞6種細胞基因表達熱圖分析與聚類。

注意:綠色表示高表達,紅色表示低表達。表達差異3倍稱為顯著富集基因。

綠色分類和差異可以明顯表明6種神經細胞表達的差異分類的情況。

B: 6種細胞富集基因的 TSS(轉錄起始位點)上下游5kb區域內DNA甲基化情況,以100bpDNA長度為窗口計算甲基化情況。

C:CGI:CpG島。shore區域:CpG上下游2kb內的區域。shelves區域:CpG上下游2kb以外的區域。

在細胞特異性基因的核心CpG島甲基化程度明顯低於CpG其他區域。DNA甲基化主要對基因進行抑制,這結果符合特異基因核心調控區未被DNA甲基化現象抑制。

材料來源:Cell Reports 2017


DNA Methylome Analysis Identifies Transcription Factor-Based Epigenomic Signatures of Multilineage Competence in Neural Stem/Progenitor Cells

Fig2 DNA Methylome, but Not Gene Expression, Reflects Cell Lineage Specification


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