Python解決FlowJo軟體識別LMD文件出現的問題
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06-25
發現問題:
有一批流式數據需要分析,數據是貝克曼流式細胞儀產生的.LMD文件。打算使用比較流行的分析軟FlowJo_V10分析。但是在使用過程,發現FlowJo軟體不能提取LMD文件中抗體使用的參數,只能手動輸入每一個通道的抗體。
分析問題:
先使用記事本打開LMD文件,開頭就記錄了本次實驗的相關參數。抗體的使用也在其中。以類似 「&P3SCD146-FITC&P3R1024&P3B16」的規則記錄,每一個參數以&開頭「」作為分隔符,CD146-FITC就是標記的抗體。
使用FlowJo軟打開後,相關參數為空。將工作台保存生成一個.WSP文件,以XML格式保存數據。以瀏覽器查看WSP文件,找到類似P3S這樣的參數確實為空。這可能是FlowJo軟體在兼容不同流式數據時的一個Bug。
解決問題:
既然是部分參數不能提取,我們可以手動提取LMD文件中的信息,補充到FlowJo軟體工作台的文件WSP中。使用正則表達式就可以完成文件內容提取、替換操作。
python3的代碼如下
※Python爬蟲之正則表達式
※深入理解 RPC:基於 Python 自建分散式高並發 RPC 服務
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