2張圖讀懂BRCA基因檢測流程
乳腺癌易感基因(breast cancer susceptibility gene，BRCA)是重要的抑癌基因，包括BRCA1和BRCA2。BRCA1/2基因是評估乳腺癌、卵巢癌和其他相關癌症發病風險的重要生物標誌物，也是影響患者個體化治療方案選擇的生物標誌物，所以BRCA檢測具有重要的臨床意義。
BRCA基因檢測難度較大，沒有熱點變異，變異遍佈於2個基因的全長。國內對於BRCA基因檢測一般採用下一代測序(next generation sequencing, NGS)的方法，但目前尚無統一的檢測流程與標準。為建立基於NGS技術的BRCA基因檢測的方法學標準以及規範臨床檢測操作，中華醫學會病理學分會特組織國內分子病理學領域的相關專家，對BRCA基因檢測流程進行討論並達成共識。
適用人群
HER2陰性晚期乳腺癌患者和所有新確診以及複發的卵巢癌患者進行BRCA 基因檢測;對於鉑敏感複發的卵巢癌患者，無論是否攜帶BRCA 致病突變都可獲益於PARP 抑製劑治療 ，若需評估遺傳風險，可行胚系BRCA 基因檢測，但在檢測前需要專業人士進行遺傳諮詢工作;腫瘤BRCA 基因檢測無需遺傳諮詢。
基於NGS 檢測BRCA 基因突變的流程
建議對於可獲取腫瘤組織的癌症患者，可進行腫瘤組織樣本檢測；對於腫瘤組織不可獲取的癌症患者和癌症高風險人群，可進行胚系BRCA 基因檢測，一般使用血液、唾液、口腔拭子等樣本，目前以血液為主。
在進行濃度和純度測定時，可採用Nanodrop 和Qubit 儀器。採用瓊脂糖凝膠電泳等方法對片段化程度進行評估。剩餘DNA 建議永久歸檔或至少保留至產生報告時。
可使用2 種方法對DNA 樣本進行文庫製備，即基於擴增子的方法和基於雜交捕獲的方法。
胚系BRCA 基因檢測只需檢測雜合突變或純合突變，理論突變頻率分別為50%或100%，而腫瘤組織BRCA 突變頻率可能很低。
變異解讀
數據解讀的標準和規範以及數據解讀和注釋流程中常用資料庫可參考《ACMG 和美國分子病理學會(Association for Molecular Pathology，AMP)序列變異解讀標準和指南(2015 版)》《美國分子病理學會(AMP) / 美國臨床腫瘤學會(ASCO) / 美國病理學家協會(CAP) 癌症序列變異解讀和報告的標準和指南(2017 版)》以及《BRCA 數據解讀中國專家共識》 。BRCA 基因檢測報告可參考《BRCA 數據解讀中國專家共識》 。
1.致病性（pathogenic）-5類。包括以下幾種情況：（1）編碼提前終止密碼子的序列變異，即BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前發生的無義突變或移碼突變。（2）發生在剪切位點即外顯子上下游第一或第二個鹼基的變異，但是，需除外經預測或已明確的可產生可能恢復BRCA1/2基因功能的自然存在的框內RNA異構體的變異。（3）拷貝數缺失變異，該變異導致BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前發生移碼突變，或者該變異移除1個或多個外顯子且不是經預測或已明確的可產生可能恢復BRCA1/2基因功能的自發框內RNA異構體的變異。（4）任意大小的拷貝數重複變異，該變異導致1個或多個外顯子重複並已被證實會導致BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前發生移碼突變。（5）體外或體內功能研究顯示對基因或基因產物有破壞作用且與腫瘤高危相關的其他類型變異。
2.可能致病性（likely pathogenic）-4類。包括以下幾種情況：（1）該變異經mRNA水平的實驗證實能夠改變剪接，但是不會產生可能恢復基因功能的自然存在的框內RNA異構體。（2）該變異編碼的氨基酸改變與之前定義的5類致病性錯義突變相同，但發生改變的基礎核苷酸不同，而且既往疾病關聯並非由剪接事件所致，並且變異未見於作為對照的外顯子組測序項目（Exome Sequencing Project）、千人基因組計劃（1000 Genomes Project）或外顯子組整合資料庫（Exome Aggregation Consortium），或變異位於已確認的功能區。（3）移除密碼子的小片段框內缺失變異，該變異涉及的氨基酸位點已被證實可發生錯義替換5類變異，且既往疾病關聯並非由於剪接事件所致，並且變異未見於作為對照的外顯子組測序項目、千人基因組計劃或外顯子組整合資料庫，或變異位於已確認的功能區。（4）體外或體內功能性研究顯示對基因或基因產物有破壞作用的其他類型變異，並且變異未見於作為對照的外顯子組測序項目、千人基因組計劃或外顯子組整合資料庫，或者變異位於已確認的功能區。
3.意義未明（uncertain significance）-3類：證據不足以將其歸類為1、2、4或5類的變異，或證據與良性和致病性分類相矛盾的變異。
4.可能良性（likely benign）-2類。包括以下幾種情況：（1）該變異編碼的氨基酸改變與已確認的1類良性變異相同，但發生改變的基礎核苷酸不同，且無證據表明該變異會導致剪接事件。（2）個體發生的胚系變異與已知致病變異在同一基因上呈反式（in trans）排列，且該個體除了BRCA相關腫瘤外無明顯其他臨床表徵。
5.良性（benign）-1類：（1）外顯子組測序項目、千人基因組計劃或外顯子組整合資料庫中等位基因頻率>5%的變異。（2）體外或體內功能研究顯示對蛋白質功能或剪接無破壞作用的變異。
基於BRCA 基因檢測流程
參考文獻：
1.基於下一代測序技術的BRCA基因檢測流程中國專家共識.中華病理學雜誌,2018,47(6) :401-406.
2.BRCA數據解讀中國專家共識[J]. 中華病理學雜誌, 2017, 46(5).
文章來源：醫脈通
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