拷貝數變異CNV檢測-Freec
大家好，今天給大家介紹的是拷貝數變異的檢測。拷貝數變異(Copy number variation, CNV)是由基因組發生重排而導致的, 一般長度在1kb以上。對於CNV檢測，有很多軟體，比如cnvnator、freec、cnvkit等，每個軟體都有各自的優勢和不足，今天我主要介紹一下Freec（最近在做cnv軟體測試，這個已經結束，就先寫了）。
對於Freec的安裝，可以參考http://boevalab.com/FREEC/tutorial.html#install，這裡就不多說了，如果有什麼問題可以直接留言，下面主要介紹分析流程。
準備config配置文件：
對於Freec軟體，只需要一個config文件就可以搞定變異檢測，在變異檢測前，需要設定一下參數。
#chrLenFile：保存有各染色體長度信息的文件（第一列：染色體編號；第二列：染色體長度）
#chrFiles：基因組序列保存位置，如果使用一個基因組文件報錯的話，需要拆分染色體，拆分後的文件名為染色體編號.fa
#mateFile：需要call變異的bam文件
#mateOrientation：制定bam文件格式，常用的illumina雙端測序為FR，單端測序為0，如果給定的bam文件是排序之後的，該參數設置為0即可。
變異檢測流程：
config文件設置完成後就可以進行cnv變異檢測，執行如下命令：
/lustre/02.software/02.cnv/FREEC-11.4/src/freec-conf config.txt &
結果解讀：
輸出文件：
#第一列為染色體編號
#第二列是起始位置
#第三列是終止位置
#第四列是變異個數
#第五列是變異類型，gain為duplication，loss為deletion
注意：起始位置和終止位置只是範圍值，其範圍大小為config文件中設置的window大小，在此為50000
有一點需要特別注意：
選取window和breakPointThreshold是應該注意，兩個參數越小，call出來的變異越多；對於window參數，在cal變異之前，會對比對的depth進行統計，之後計算基因組每個window的GC含量，根據該GC含量對測序數據進行標準化，以此來確定變異準確度，對於基因組上的同一個片段，在不同window下GC含量差異很大(如測試時同一位點範圍從35-41%不等），導致變異數目差別很大，在實際使用中，需要考量這兩個參數，以期獲得最佳的變異結果。
今天就到這裡了，過幾天介紹一下cnvnator檢測cnv變異的流程及注意事項，歡迎圍觀。
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