如何做TCGA數據的單因素Cox分析？

今天給大家分享一下如何做TCGA數據的單因素Cox分析。

1、下載TGCA數據並且整理成表達矩陣（這裡主要做mRNA）

2、做差異表達分析，得到差異基因的表達矩陣

3、下載臨床數據並整理好

4、將差異基因的表達矩陣與生存數據合併，直接用EXCEL即可，保存為input.txt

5、用Survival包做單因素的Cox分析，這裡直接將代碼分享給大家

#survival包的安裝

install.packages("survival")

library(survival) #載入survival包

setwd("C:\Desktop\COX\2_univariatecox") #改成自己的工作目錄

inputfile="input.txt" 改為自己的文件名

outdata=data.frame()

data=read.table(inputfile,header=T,sep=" ",row.names=1,check.names=F)

data1=log2(data[,3:ncol(data)]+1)

data=cbind(data[,1:2],data1)

for(a in colnames(data[,3:ncol(data)])){

cox

coxSummary = summary(cox)

outdata=rbind(outdata,cbind(gene=a,HR=coxSummary$coefficients[,"exp(coef)"],

z=coxSummary$coefficients[,"z"],

pvalue=coxSummary$coefficients[,"Pr(>|z|)"]))

}

write.table(outdata,"Cox_univariate_results.xls",sep=" ",row.names=F,quote=F)

這樣我們就得到了單因素的Cox分析的結果

希望這些代碼對大家有所幫助。

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