液體活檢新突破！科學家們開發出「RNA測序」的通用模板

通過檢測血液或尿液中少量的RNA來診斷或治療疾病是一個新興領域。隨著技術的進步，研究人員可以對RNA片段進行測序，但不同的人使用不同的方法來測序RNA，有時會得到不同的結果，這是影響成功的一個重大障礙，使得此領域很難取得進展。近來，密歇根大學Tewari教授的實驗室領導了美國和荷蘭的9個實驗室組成聯盟，通過美國國立衛生研究院，試圖解決這個問題。該聯盟測試了9種不同的RNA測序方法，以了解和標準化測序小RNA的最佳方法，他們的目標是創建一個可以從一個實驗室複製到另一個實驗室的標準。

基於RNA的液體活檢主要依賴於對小RNA測序的能力，例如microRNA。這些微小的細胞碎片可以在癌症等疾病中發生改變，為早期發現疾病提供線索。但是，血液或尿液只含有少量的細胞外RNA，這使得測序變得更具挑戰性。

Tewari教授說：「RNA液體活檢是一個令人興奮的診斷新領域。因為不同的方法可能會帶來不同的結果，所以這個領域需要一個聯盟。」他還指出，這項工作的優勢在於將不同的專業知識彙集在一起，從分子生物學家到生物信息學專家。

7月16日，這項在《Nature Biotechnology》雜誌上發表的題為「Comprehensive multi-center assessment of accuracy, reproducibility and bias of small RNA-seq methods for quantitative miRNA profilin」的研究中，科學家們對樣本進行了相同的準備，並將其送往全球的9個實驗室進行分析。每個實驗室使用9種不同的測試方法對四個不同的樣本（一個血漿樣本和三個合成RNA樣本）進行測序。最終，他們共獲得超50億的測序結果。

「我們發現，不僅不同的方法產生不同的結果，而且在同一測序方法中，任何微小的變化都會帶來一個顯著的變化。該研究的主要作者、Tewari實驗室的博士後研究員Maria D. Giraldez說：「為了比較各實驗室結果之間的差異，我們需要一套通用、高度標準化的方法指南。」

該研究的作者、Tewari實驗室的Ryan Spengler博士後研究員說：「如果你在多個實驗室使用相同的方法，結果就不會有太大的變化。」「這意味著，如果你想在不同的實驗室之間協調一項研究，關鍵是要遵守同樣的方法。」

由聯盟實驗室開發的方法提高了液體活檢的準確性。當用RNA測序來比較不同樣本之間個體microRNA的相對數量時，所有的方法都產生了準確和可重複的估計。該研究為創建標準程序的方法奠定了基礎，並推動RNA測序和液體活檢領域的進步。

研究人員已經製作出了綜合參考材料，這意味著全國的研究人員都可以按照他們的方法進行測試，並將結果與實驗室聯盟發現的結果進行比較。Tewari的實驗室正在繼續致力於改進方法，以便更有效地發現生物標記物。

責編：浮蘇

End

參考資料：1） Overcoming a major barrier to developing liquid biopsies

2）Comprehensive multi-center assessment of accuracy, reproducibility and bias of small RNA-seq methods for quantitative miRNA profiling, Nature Biotechnology (2018). DOI: 10.1038/Nbt.4183, https://www.nature.com/articles/Nbt.4183

喜歡這篇文章嗎？立刻分享出去讓更多人知道吧！