Aspera下載數據實操課程

Aspera下載數據實操課程

最近有一個老師需要對RNA-seq中miRNA進行篩選，需要下載20多個原始的RNA-seq數據。

其實這個需求不是很難。

耗時可能在下載數據上。

但是數據下載，下載了一周居然沒搞定。

鬼知道發生了什麼。

其實也不能說沒有搞定，前期在伺服器上其實數據都已經下載完畢了，不過技術人員在做後期比對的時候，沒有注意到內存的使用，把伺服器給弄崩潰了。

其實這個需求，比對定量，在個人PC上也可以做的。

既然伺服器死掉了，也就得需要重新下載數據，技術的電腦上安裝Aspera有問題，那我電腦速度太慢。並且Aspera下載的時候提示訪問受限。可能原因在於我安裝了某軟體。

問題不大，但是卻很噁心。

本周女朋友回來了，本來想開開心心的玩兩天，但是發現心裡存著事，難受。

給客戶承諾，本周末交付結果，雖然是義務幫忙，但是也覺得承諾的事情，不做，自己玩也不痛快。

周日和女朋友要參加一個同學的婚禮，我開車先到公司，取一塊移動硬碟，然後帶著女朋友前往西三環的酒店。

放下她之後，自己找了一個酒店附近的網吧。

這個網吧，居然沒有空調。

找了一個靠近風扇的地方。

下載Aspera（win）鏈接：https://downloads.asperasoft.com/connect2/

點擊安裝

今天教給大家利用Aspera如何下載SRA數據。

基因組數據等可以通過瀏覽器直接點擊自動激發Aspera，進行下載。

但是現在ftp鏈接不支持，只能改成http進行訪問，這時，點擊http進入，是沒有辦法激發Aspera的。

因此這裡只能參考類似linux下使用的方法，黑屏進行操作。

點擊window圖標，然後在搜索框嵌入「cmd」啟動dos。

如圖顯示

複製下Aspera安裝的路徑，通過cd命令切換到Aspera的bin目錄下。

然後可以使用如下命令行進行數據下載了。

1、 單個文件下載

ascp -Q -T -k 1 -l 200m -i ..etcasperaweb_id_dsa.opensshanonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/ERR/ERR188/ERR188245/ERR188245.sraC:database

2、 多個文件下載

Filielist中文件格式

到此已經完成了SRA的下載。

更為詳盡的linux，window各種數據下載方法，我們的一個美女小編已經錄製視頻，近期上線。

當然如果有高手，知道這個錯誤是啥原因，也歡迎在下方留言，謝謝。這個是我在自己電腦上測試的時候，報的錯誤，至今沒有搞定，防火牆也關了，也不好使。

現在11點半，我先去喝喜酒，回來希望就能下載完了。

Bye

附隔壁吃雞遊戲界面。

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