Aspera下載數據實操課程
Aspera下載數據實操課程
最近有一個老師需要對RNA-seq中miRNA進行篩選,需要下載20多個原始的RNA-seq數據。
其實這個需求不是很難。
耗時可能在下載數據上。
但是數據下載,下載了一周居然沒搞定。
鬼知道發生了什麼。
其實也不能說沒有搞定,前期在伺服器上其實數據都已經下載完畢了,不過技術人員在做後期比對的時候,沒有注意到內存的使用,把伺服器給弄崩潰了。
其實這個需求,比對定量,在個人PC上也可以做的。
既然伺服器死掉了,也就得需要重新下載數據,技術的電腦上安裝Aspera有問題,那我電腦速度太慢。並且Aspera下載的時候提示訪問受限。可能原因在於我安裝了某軟體。
問題不大,但是卻很噁心。
本周女朋友回來了,本來想開開心心的玩兩天,但是發現心裡存著事,難受。
給客戶承諾,本周末交付結果,雖然是義務幫忙,但是也覺得承諾的事情,不做,自己玩也不痛快。
周日和女朋友要參加一個同學的婚禮,我開車先到公司,取一塊移動硬碟,然後帶著女朋友前往西三環的酒店。
放下她之後,自己找了一個酒店附近的網吧。
這個網吧,居然沒有空調。
找了一個靠近風扇的地方。
下載Aspera(win)鏈接:https://downloads.asperasoft.com/connect2/
點擊安裝
今天教給大家利用Aspera如何下載SRA數據。
基因組數據等可以通過瀏覽器直接點擊自動激發Aspera,進行下載。
但是現在ftp鏈接不支持,只能改成http進行訪問,這時,點擊http進入,是沒有辦法激發Aspera的。
因此這裡只能參考類似linux下使用的方法,黑屏進行操作。
點擊window圖標,然後在搜索框嵌入「cmd」啟動dos。
如圖顯示
複製下Aspera安裝的路徑,通過cd命令切換到Aspera的bin目錄下。
然後可以使用如下命令行進行數據下載了。
1、 單個文件下載
ascp -Q -T -k 1 -l 200m -i ..etcasperaweb_id_dsa.opensshanonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/ERR/ERR188/ERR188245/ERR188245.sraC:database
2、 多個文件下載
Filielist中文件格式
到此已經完成了SRA的下載。
更為詳盡的linux,window各種數據下載方法,我們的一個美女小編已經錄製視頻,近期上線。
當然如果有高手,知道這個錯誤是啥原因,也歡迎在下方留言,謝謝。這個是我在自己電腦上測試的時候,報的錯誤,至今沒有搞定,防火牆也關了,也不好使。
現在11點半,我先去喝喜酒,回來希望就能下載完了。
Bye
附隔壁吃雞遊戲界面。
![](https://pic.pimg.tw/zzuyanan/1488615166-1259157397.png)
![](https://pic.pimg.tw/zzuyanan/1482887990-2595557020.jpg)
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