行業動態-腫瘤NGS伴隨診斷的創新審批之路

NGS一直是診斷領域的熱點，但由於各種原因，除產前診斷NGS以外，其他應用一直未獲得國家行政機關的認可，包括在美國，獲得FDA批准的NGS項目也屈指可數。

為此，定向點金曾在今年一月份就這一熱點問題邀請了美國FDA前NGS負責人Dr. Elizabeth Mansfield、核准審批Illumina MiSeq的主要負責人Dr. Cheng Zhang，衛健委臨檢中心副主任李金明教授、中檢所黃傑教授等在海南三亞召開了「2018二代測序中美高峰論壇」，對當前的NGS產品研發、註冊、審批等方面進行了探討。【2018中美高通量測序與管理高峰論壇】

01

近日，國家葯監局先後批准了兩家企業的腫瘤NGS產品上市，使得NGS技術在臨床診斷領域的應用得以進一步推廣，為此，定向點金特將相關內容為大家進行一番梳理，期望可以為相關從業人員提供更加清晰的思路。

2016 年 9 月，廣州燃石醫學檢驗所有限公司（以下簡稱燃石）生產的「EGFR/ALK/BRAF/KRAS基因突變聯合檢測試劑盒（可逆末端終止測序法）」作為中國首個腫瘤 NGS 檢測產品進入「創新醫療器械特別審批程序」，經過近2年的時間，最終在2018年成功獲得腫瘤 NGS 第一證，讓整個測序行業為之振奮。該產品依託Illumina公司的MiSeqDx平台，採用RNA探針捕獲技術檢4種基因的13種變異，包括點突變、缺失及重排（融合）。其中EGFR基因19號外顯子缺失（19del）、L858R點突變用于吉非替尼片和鹽酸埃克替尼片伴隨診斷檢測，EGFR T790M點突變用於甲磺酸奧希替尼片的伴隨診斷檢測，ALK重排（融合）用於克唑替尼膠囊的伴隨診斷檢測。

得益於醫療器械註冊審評的改革措施，從國家食品藥品監督管理總局醫療器械技術審評中心（CMDE）公開的審評報告中，企業人員可以獲悉監管部門對於腫瘤NGS伴隨診斷產品的關注點以及要求。一般而言，針對此類產品，企業會在以下三個方面存在某種程度的困惑：第一，企業參考品和質控品的設置；第二，分析性能評估的內容；第三，伴隨診斷臨床研究。而這份報告也給出了相應的提示：

首先，對應性能指標設置企業參考品，包括陰性參考品、陽性參考品、重複性參考品和最低檢出限參考品。參考品形式可以為臨床肺癌組織樣本，也可以為細胞系樣本。參考品的驗證選擇數字PCR和Sanger兩種方法。這裡有兩點筆者提醒大家注意，一是本次燃石申報的產品所涉及的變異位點並不多，或許是企業考慮到產品的伴隨診斷臨床意義以及監管的相關要求，因此其設置的各項企業參考品都覆蓋了全部突變類型。然而，眾所周知，NGS的特點是能夠進行高深度、全面的基因測序，在這方面，FDA是具有批准腫瘤大panel的經驗的，FDA前高級審查員Dr.Cheng Zhang就曾在2018年1月三亞舉行的中美高通量測序高峰論壇上就向與會者分享過：「在NGS檢測開發階段，對於參考物質可以選擇代表性的變異以覆蓋不同類型的變異類型、變異大小以及基因組區域」。二是關於使用人造樣本補充患者樣本的情況，Dr.Cheng Zhang當時就建議過可進行樣本可替換性研究。

其次，本次燃石提交的產品分析性能評估內容主要包括重複性試驗、最低檢出限試驗、陰/陽性參考品符合率評估、分析特異性研究（干擾因素和交叉反應）、配套試劑盒的組合性能研究、腫瘤組織樣本要求研究、不同規格試劑盒的分析性能驗證。性能評估資料涉及兩種規格的五批次產品，符合CMDE對於多批次（三批以上）性能評估的要求。而從FDA的監管經驗以及已獲批上市產品的安全有效數據綜述（SSED）中可以看出，NGS檢測常見的分析性能項目包括準確性、精密性、分析前準備如樣本提取及樣本質量等，靈敏度如空白限、檢測限，DNA/RNA 投入量、組織投入量、腫瘤含量等，特異性如干擾物質和交叉反應，穩定性如樣本穩定性、試劑穩定性、儲存效期、上機穩定性、運輸穩定性等，另外，有效閾值/系統穩定性也是其中一項。企業可以根據自身產品特點選擇適宜的驗證項目。而NGS檢測實際上是一個系統，因此需要對整個檢測系統進行驗證，即從樣本收集、樣本製備到測序流程中的各個步驟，以及結果報告的生成。

最後，在伴隨診斷臨床研究部分，燃石採用了與已上市伴隨診斷試劑盒進行比較研究以及TKI藥物療效相關的回顧性臨床研究兩種方式，這也與CMDE 發布的《EGFR突變基因檢測試劑（PCR法）註冊技術審查指導原則》中提及的有關突變基因個體化治療相關臨床研究要求相符。值得注意的是，由於回顧性研究中納入的有效病例未完全符合統計學意義的要求，因此國家藥品監督管理局（CNDA）對其作出了附加條件審批，即要求該產品上市後應繼續對產品伴隨診斷用途進行驗證。

02

緊隨燃石的產品之後，2018年8月，CNDA通過創新醫療器械特別審批通道，批准了天津諾禾致源生物信息科技有限公司（以下簡稱諾禾）「人EGFR、KRAS、BRAF、PIK3CA、ALK、ROS1基因突變檢測試劑盒（半導體測序法）」上市。該產品覆蓋與非小細胞肺癌（NSCLC）靶向治療用藥相關的6個基因，包括點突變、插入缺失、融合等多種變異形式的檢測。其中，EGFR基因19del、L858R點突變用于吉非替尼片伴隨診斷檢測（此一項燃石的產品所聲稱的靶向用藥還包括鹽酸埃克替尼片），T790M突變用於甲磺酸奧希替尼片的伴隨診斷檢測，ALK融合和ROS1融合用於克唑替尼膠囊的伴隨診斷檢測。此試劑盒選擇了達安的DA8600基因測序儀作為適用平台，相信也是考慮到該平台已於2017年通過變更增加了「對人體基因位點的檢測」，而反觀燃石依託的是尚未獲得CNDA批准的Illumina平台，率先突圍的2項產品實際上也是Illumina和Life（Thermo Fisher）兩大平台之爭。從產品的主要組成我們也能看到平台之間技術路線的差異以及兩家公司所選擇的不同註冊策略。

從公開文件可以了解到，諾禾採用的技術平台也是FDA批准的首個基於多生物標記物伴隨診斷試劑盒OncomineTM Dx Target Test所適用的平台。諾禾的陽性參考品的設置同樣採用了兩種來源，包括臨床樣本和細胞系，而驗證方法則選擇了數字PCR和NGS。在分析性能評估方面，兩項NGS產品在方法的選擇上略有差異，並且由於技術原理不同，最終得出的分析靈敏度（檢測限）也有較大差別。在臨床評價部分，諾禾首選了Sanger測序來進行一致性的比較，樣本總例數也達到2789例，可見其在產品臨床驗證上的投入。除此之外，考慮到Sanger測序本身的局限性，還選擇了已上市qPCR試劑進行了部分比較研究，結果也是相當令人滿意。在伴隨診斷研究部分，同樣的選擇了Follow-on（與已上市伴隨診斷試劑進行等效性研究）以及TKI藥物療效相關回顧性臨床研究，從2項獲批產品提供的數據可以看出，受制於陽性患者數量、臨床樣本可獲得性等諸多因素，最終能夠納入回顧性研究的病例十分有限，很大程度上影響了審批，因此是否跟蹤隨訪、與治療藥物共同開發會成為未來的發展趨勢，我們將拭目以待。

隨著監管部門開始認可腫瘤領域的NGS檢測產品，除了上述已獲批的兩項產品，已進入「綠色通道」的其他同類產品，包括南京世和的肺癌靶向藥物基因突變檢測試劑盒（高通量測序法）、廈門艾德的人類癌症多基因突變聯合檢測試劑盒（可逆末端終止測序法）、廈門飛朔的人類腫瘤多基因變異檢測試劑盒（半導體測序法）也正在審核過程中。相信隨著更多的產品獲得CNDA的批准，行業競爭也將在產品上市後激烈展開。不僅如此，為了進一步規範腫瘤相關突變基因檢測產品的註冊申報和技術審評， CMDE於8月14日發布了關於公開徵求《腫瘤相關突變基因檢測試劑（高通量測序法）性能評價通用技術審查指導原則（徵求意見稿）》意見的通知。體現出了監管部門對於NGS試劑盒產品的高度重視。

我們相信，NGS相關產品的豐富，將使得患者有更多選擇獲知罹患疾病的複雜性、治療方案和預後，會為提高患者的治療效果和生存質量提供更優質的服務。

編輯：定向點金 於婉婷、Will Xavier

喜歡這篇文章嗎？立刻分享出去讓更多人知道吧！