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EVE的目標不只是星辰大海,還有細胞生物學

「宇宙中黑暗和未知的漂流物已經開始侵略我們的世界,如果你選擇接受這項任務,那就請收集和分析外星侵略者身上的DNA,來幫幫助我們揭開生物學的層層迷霧。」

以上這段話是網遊EVE Online(以下簡稱EVE)的一段任務說明。EVE相信大家都很熟悉,這是一款全球範圍內都很流行的虛擬宇宙沙盒世界多人遊戲,國服(星戰前夜:克隆崛起)由網易運營,將於今年10月開始測試。而在過去的一年裡,EVE和一些大學合作開發了一個名為Project Discovery的小遊戲,專門研究相關的科學項目。簡單來說就是讓玩家在遊戲中按照指引操作,相關領域的專家對其中產生的數據進行收集和研究。而上面那段話,則是由一群生物學家發出的「江湖召集令」。到目前為止,已經有超過30萬玩家參與其中,並且在細胞中蛋白質的定位上,貢獻了3千3百萬次的訪問數據。這不僅極大地擴展了蛋白質信息的公共資料庫,而且也方便研究人員通過訓練神經網路來做同樣的實驗。

EVE的目標不只是星辰大海,還有細胞生物學

那麼EVE是如何和生物學扯上關係的呢?這就要從蛋白質說起了。

雖然從目前的生物技術來看,已經能夠明確蛋白質的功能,但事實上人們對其所知仍然有限。因為很多蛋白質會被運送到細胞不同的位置中去,而兩個蛋白質也許在氨基酸的構成上是一樣的,但只有其中一個能進入細胞核與DNA相互作用,而另一個會被運送到細胞表面,作用於細胞中的蛋白質。所以確定蛋白質在細胞核里的位置,就能夠確定其功能。

EVE的目標不只是星辰大海,還有細胞生物學

看不懂就對了,但只要動動手指就能加速細胞生物學的進程,想想是不是有點小激動?

對於生物學家來說,這個過程並不容易。但如果能夠讓抗體粘附在蛋白質上,就會簡單一些。生物學家用熒光為這些抗體做了標記,並將其注入到已經死亡的細胞中,它們就會粘附在蛋白質上並且發光。在顯微鏡的輔助下,就能夠很輕易地了解蛋白質在細胞中的位置,甚至可以將這個過程自動化。

但問題在於即便最後得到了大量的圖像顯示,如果沒有了解細胞內部的人手動分類也是白搭。而這時候,就該我們可愛的EVE玩家出場了。

經過一個名為Massively Multiplayer Online Science組織的牽線搭橋後,研究團隊與EVE Online牽手成功,並在遊戲中加入了開頭提到的名為Project Discovery的小遊戲。玩家只要參與其中進行圖像分類,即可得到相應的徽章和貨幣獎勵。

EVE的目標不只是星辰大海,還有細胞生物學

「穿越」到遊戲中親臨指導玩家的生物學家

遊戲推出後很受玩家歡迎。在參與實驗的三十多萬人中,約有六萬人完成了所有的圖像分類,為實驗需要收集的數據做出了巨大的貢獻。他們共同完成了3300萬個圖像分類,有一大半質量都非常高。

雖然生物學聽起來很高深莫測,但其實玩家在遊戲中需要做的很簡單:小遊戲中包含1300萬個人體細胞的蛋白質染色圖,玩家按照教程來匹配和分類就行了。完成遊戲後還能得到相應的獎勵,可謂一舉兩得。不過因為無法確保未來是否還會有足夠規模的玩家參與到Project Discovery中,因此開發團隊決定使用圖像進行深度學習,既提取玩家產生的數據和信息放到AI上,以便日後替代玩家執行任務。

雖然專業的生物學專家經過研究得出的數據比從EVE中收集到的更準確,但同時成本也更加高昂。也許在很長一段時間內,EVE的玩家都將在細胞生物學中佔有一席之地。屆時作為一名EVE玩家,可以驕傲地宣告自己的目標可不止有星辰大海,更是人類的未來。

EVE的目標不只是星辰大海,還有細胞生物學

資料來源:scienceblog,arstechnica

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