升級版環形RNA資料庫網站發布

近日，國際學術期刊Genomics, Proteomics & Bioinformatics在線發表了中國科學院上海生命科學研究院（營養與健康院）中科院－德國馬普計算生物學夥伴研究所楊力研究組關於環形RNA研究的最新進展「CIRCpedia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Comparison」。該研究通過整合分析多物種環形RNA數據，發布了升級版的環形RNA資料庫CIRCpedia v2（http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/）。

升級版的環形RNA資料庫CIRCpeida v2共收錄了6個物種（包含人、小鼠、大鼠、斑馬魚、果蠅和線蟲）中超過180個樣品的環形RNA計算分析結果。主要通過CIRCexplorer2和 MapSplice計算流程統計獲得了262,782個環形RNA分子，其中包括73,972個可變反向剪接事件。使用者可通過檢索和下載模塊獲取環形RNA基因組坐標、表達水平、可變反向剪接、人鼠保守性等多樣化信息，通過瀏覽模塊在基因組上圖形化查看環形RNA具體表達模式，並通過新的在線分析工具對不同樣品中的環形RNA開展比較分析。這一升級版的環形RNA資料庫網站為環形RNA研究提供了一個全面和綜合性的平台，為深入開展環形RNA功能研究提供了數據支持和理論依據。

楊力研究組長期從事RNA組學研究，通過合作研究系統揭示內含子互補配對序列對環形RNA表達的關鍵作用（Zhang et al., Cell 2014; Zhang et al., Cell Rep 2016）；表明不同順式內含子互補配對序列間的競爭性配對可以導致環形RNA的可變反向剪接，進而從一個基因位點產生多個環形RNA分子（Zhang et al.,GenomeRes 2016）；通過系統衡量不同物種中順式作用元件對環形RNA生成的作用，闡明人基因組中所蘊含的大量內含子Alu序列是環形RNA在人中高表達的主要原因之一（Dong et al., RNABiol 2017）；發現反式作用蛋白因子NF90/NF110對環形RNA表達調控和功能作用的新機制（Li et al., Mol Cell 2017）；並多次發表應邀綜述，系統總結環形RNA的生成加工及其潛在生物學功能的最新進展（Yang, WIREs RNA 2015; Chen and Yang,Trends Cell Biol 2017; Li et al., Mol Cell 2018）。

該項研究在楊力指導下，由計算生物學研究所研究助理董瑞（現為Harvard大學博士後）、碩博連讀研究生馬旭凱和李國衛共同完成，並得到了國家基金委和中科院的經費支持。

文章來源：上海營養與健康研究院

中國生物技術網誠邀生物領域科學家在我們的平台上，發表和介紹國內外原創的科研成果。

本公眾號由中國科學院微生物研究所信息中心承辦

微信公眾號：中國生物技術網

喜歡這篇文章嗎？立刻分享出去讓更多人知道吧！