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施一公的新發現距離諾獎有多近?

2015年8月,中國科學家施一公團隊通過單顆粒冷凍電子顯微鏡方法,解析了酵母細胞「剪接體」近原子水平解析度的三維結構。「單顆粒冷凍電子顯微鏡」、「剪接體」、「近原子水平解析度」……一大撥專業名詞正在接近,不明覺厲。專家們說了,這可是結構生物學上公認的難題之一,是「諾獎級別」的發現。來,我們一起解析這個最新發現,看看它跟諾貝爾到底有多近。

剪接體:中心法則的最後謎底

我們知道,DNA(脫氧核糖核酸)是生物的遺傳物質。但是,它究竟如何傳遞遺傳物質,我們需要通過了解它的結構和傳遞過程才能知道。

DNA的雙螺旋結構學說指明了DNA的結構。DNA分子如同兩條擰在一起的「鏈條」。在全身上下每一個細胞里,都有這樣一模一樣的兩條鏈,搭載了生物體幾乎全部的遺傳物質。不過,像這樣如此纏綿在一起的兩條鏈是沒辦法傳遞遺傳信息的。

英國科學家克里克在1958年時提出了「中心法則」,描述了DNA傳遞遺傳物質的過程——DNA的兩條鏈解開成為單獨的兩條鏈,隨後,單鏈DNA會吸引一些跟它們匹配的小分子(核糖核酸),並且把小分子串成一條新的鏈。最後新鏈條解開,經過複雜的過程,開始尋找新的小分子(核苷酸)合成蛋白質的征程。

如果說DNA傳遞遺傳信息是一部電影的話,「中心法則」就是故事的主線。如何解開DNA的兩根鏈條、如何吸引其他小分子並且形成新鏈條、新鏈條又是如何合成蛋白質,都將是圍繞懸念展開的電影章節。

具體地說,「中心法則」將遺傳過程分為三步。第一步是轉錄,DNA中的遺傳信息要通過RNA聚合酶的作用轉變成「前信使RNA」。第二步是剪接,「前信使RNA」通過剪接體去掉一些結構後,變成成熟的信使RNA。第三步,翻譯,通過鹼基配對等過程,成熟的信使RNA通過核糖體合成蛋白質,行使生命的各種功能。

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其中,第二步里,在完成轉錄步驟而形成的「前信使RNA」新鏈條上,有一些無法遺傳的「廢料」需要進行剪裁,這把特殊的剪刀就是「剪接體」。初步形成的新鏈條被「剪接體」剪裁後,一條載有滿滿遺傳信息的鏈條新鮮出爐。這就是生物學上大名鼎鼎的「信使RNA」。

在施一公教授獲得剪接體的三維結構之前,另外兩位科學家已經通過發現「中心法則」中其他步驟中的兩種關鍵物質,分別獲得了2006年和2009年的諾貝爾化學獎。

至於剪接體,是這三種關鍵物質中難度最大、結構最複雜的。解析剪接體的結構,意味著揭開了「中心法則」最後的謎底。      

看清剪接體的利器:冷凍電鏡

從原理上講,獲得生物體大分子的圖像,和用相機拍攝風景照有一些類似。只是生物大分子實在太小,而沒辦法像一般單反相機一樣,使用可見光反射來獲得圖像。過去很長一段時間裡,科學家用X射線來「拍攝」生物大分子結構,解決了這個矛盾,這種方法在科學上被稱為X射線晶體衍射。

X射線晶體衍射可以幫助科學家觀測到0.2納米大小的晶體。注意,只是晶體。如果觀測的對象不是晶體,這種方法也就無能為力了。那麼問題來了,剪接體是由多個蛋白組成的動態結構,科學家很難得到它的晶體。所以,這把「剪刀」究竟長什麼樣、「剪裁」過程是什麼樣,X射線晶體衍射只好高呼「臣妾做不到」了。

好在隨著冷凍電鏡技術的突飛猛進,結構生物學中出現了新的「神器」。它不再要求樣品必須是晶體。而且,樣品是通過快速冷凍的方法進行固定的,更加接近樣品的原生態。對剪接體這種不僅難以獲得晶體,還一直處於「多動」狀態的分子,冷凍電鏡真真是不能更合適的「相機」了!用施一公教授的話說「溶液情況下撈起來一點就可以看了」。

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從1983年開始,各國科學家把人類認識剪接體的精度縮小到2.9納米。雖然已經很小,但是依然好比照相機技術不行,只能得到剪接體的模糊輪廓。

直到今年6月,英國劍橋大學的科學家在冷凍電鏡的幫助下,將剪接體組裝過程中所涉及的一個蛋白結構的解析度提高到了0.59納米,達到了接近原子的尺度。可惜的是,他們還是看不清細節。

施一公教授帶領團隊不斷提高冷凍電鏡的觀測技術,終於把精度提高到了0.36納米,而且解析的對象是真正的剪接體,終於看到了剪接體的細節。


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「剪」哪兒很重要:溯源遺傳疾病

從原理上看,剪接體「剪裁」最初的新鏈條時,剪裁什麼位置、如何「下刀」決定了哪些部分留下、哪些部分扔掉,一旦出了差錯,便會發生與遺傳有關的問題。科學家就此推測,遺傳病的發生應該和剪接體的剪接過程有關。

從1977年基因剪接現象首次被發現至今,很多科學家都在對剪接體進行研究分析。有研究表明,35%的遺傳紊亂與剪接體直接相關。果然是真的!

已經有大量研究表明,70%到80%的「剪裁」改變了蛋白質產物,比如對具有功能的結構進行了增加和刪減。剪接調控著機體的不同發育階段、不同環境的生理需要。如果改變了正常的「剪裁」形式就會導致發育異常與疾病。

例如,地中海貧血症、視網膜色素變性、人類強直性肌營養不良、額顳骨痴呆症和一些癌症都與剪裁的失誤有關。

剪接體結構的揭曉,為進一步揭示與剪接體相關疾病的發病機理提供了堅實基礎。

不過,在解析度0.36納米的剪接體結構被公布後,施一公反覆強調,這是一項基礎研究,距離直接利好遺傳病治療還有相當長的距離。他們的下一步目標,是還原整個剪接的過程。

無論如何,我們正在探索生命本質的道路上奔跑得越來越快。

(出品:科普中國;製作:科普集結號 甘曉;監製:中國科學院計算機網路信息中心;「科普中國」是中國科協攜同社會各方利用信息化手段開展科學傳播的科學權威品牌。轉載請註明「來源:科普中國」。)

施一公的新發現距離諾獎有多近?

作者寫於2015-10-10
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